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1 楼 
 文章标题 : ubuntu7.04下安装sybyl7.3
帖子发表于 : 2008-04-03 10:03 

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以下内容部分参考网上sybyl7.3安装教程,针对ubuntu7.10 32位做了些修改(括号内红字部分)。


假设sybyl7.3的4个cd在/tmp/sybyl73/里面

打开第一个终端

$su

password

#mkdir -p /biosoft/tripos

#chmod -R 777 /biosoft/tripos/

#mkdir -p /usr/local/flexlm/licenses/

#chmod -R 777 /usr/local/flexlm/licenses/
(再建个/usr/tmp文件夹 改权限,否则无法启动安装程序,因为ubuntu下没有/usr/tmp文件夹)

#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD1.iso /media/cdrecorder/

(ubuntu下挂在/mnt即可,后面细节请自行变动)



#cp /media/cdrecorder/crack/license.dat /biosoft/tripos/

此时开第二个终端,目的是在普通用户下安装sybyl7.3

$/media/cdrecorder/install.sh

安装目录选/biosoft/tripos/sybyl/

license文件选择/biosoft/tripos/里面的,不选/media/cdrecorder/crack/里面的是因为 后面的做法影响接下来的umount.

浏览器选/usr/bon/mozilla

(很多人在继续安装中出现
/dsw/testing/pbondi/scratch/sybuny70_wh/cd1a/linux_python/lib/python2.1/os.py no such file 问题
我也在这弄了几天,说一下经验 供参考
网上说.ubuntu7.10 python太新 2.5版本 出错显示python2.1,所以装不了。下载python2.1,六个得便安装包。
先试了下 删除python2.5 桌面图标全失 重装!
重装好后,先不升级(担心装的库太新,大家也可以尝试先升级再装)。忽略python2.5存在,直接装python2.1 中间提示下好多库,从源里(USTC的)[color=#FF0000]或网上下载。齐全后安装, 只能装上5个,另一个冲突不管,忽略之。
[color=#FF0000][color=#40FF00][size=150]后来实际证明不需要管python。
[color=#FF0000]/sizedsw/testing/pbondi/scratch/sybuny70_wh/cd1a/linux_python/lib/python2.1/os.py no such file
错误依旧,上网搜寻,在一国外网发现
yum -y install ksh
ksh /media/SYBYLxx/install.sh
便运行之,提示无yum,下载,运行yum -y install ksh有问题,
新立得下载ksh, csh环境(害怕不全 )
运行
ksh /media/SYBYLxx/install.sh(我的是/mnt/install.sh)
可以往下安装,一直装完4个ISO,启动sybyl是又出错,详情见下) [/color]提 示换cd2时候,在第一个终端里:

#umount /media/cdrecorder/

#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD2.iso /media/cdrecorder/

提示换cd3时候,在第一个终端里:

#umount /media/cdrecorder/

#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD3.iso /media/cdrecorder/

提示换cd4时候,在第一个终端里:

#umount /media/cdrecorder/

#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD4.iso /media/cdrecorder/

安装完毕后,在在第一个终端里:

#umount /media/cdrecorder/

#ls /biosoft/tripos/AdminTools10.8/tables/(确认里面存在license_file与否,如果没 有,用文本编辑器打开后面说到的license.dat,然后另存为license_file)

#cp /biosoft/tripos/license.dat /usr/local/flexlm/licenses/

#cd /biosoft/tripos/AdminTools10.8/bin/linux/

#./lmgrd triposlm

#/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl


(此步提示缺 libXm.so.3库,有两个解决办法
1.下载其rpm包,用alien转为deb包
2从源里安装libmotif3,再在终端运行命令
ln -s /usr/X11R6/lib/libXm.so.3 /usr/lib/libXm.so.3(搜的)
启动成功。升级系统,仅重要安全更新,sybyl7.3仍能启动运行)
个人几点看法:
1.python2.1不需要装,直接
yum -y install ksh

2.见到no such file等错误,很可能是库的问题,下全补齐,通常能解决
以上是我的安装经验,供大家参考。祝安装顺利!


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2 楼 
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帖子发表于 : 2008-04-16 20:48 
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这种东东也太大了。


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3 楼 
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帖子发表于 : 2008-05-01 22:46 

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请问楼主安装成功后能否正常运行?
我安装Sybyl时,在从挂载的目录下调用ISO文件时出现如下错误:
[: 14: /usr/tmp/TA_INSTALL6338: unexpected operator
Copying install files...
Copying python files...
Unzipping python files...
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
File "/dsw/testing/pbondi/scratch/sybuny70_wh/cd1a/linux_python/lib/python2.1/lib-tk/Tkinter.py", line 1285, in __call__
return apply(self.func, args)
File "/usr/tmp/TA_INSTALL6338/installDlg.py", line 415, in doInstall
self.install()
File "/usr/tmp/TA_INSTALL6338/installDlg.py", line 639, in install
self.installIt(x)
File "/usr/tmp/TA_INSTALL6338/installDlg.py", line 749, in installIt
self.installItHere(product, self.taroot, self.plats)
File "/usr/tmp/TA_INSTALL6338/installDlg.py", line 852, in installItHere
os.execl(tmpDir+"gztar.sh","gztar.sh",cdname)
File "/dsw/testing/pbondi/scratch/sybuny70_wh/cd1a/linux_python/lib/python2.1/os.py", line 259, in execl
execv(file, args)
OSError: [Errno 2] No such file or directory
Xlib: unexpected async reply (sequence 0x2b91)!

请问是哪里有问题?如何解决?谢谢!
另外SYBYL的运行需要openmotif和 libXm.so.3的支持,请问如何安装?
希望能和楼主多交流。谢谢!


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帖子发表于 : 2008-05-01 22:50 

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楼主和网上的兄弟都说浏览器选/usr/bon/mozilla
可在Ubuntu里只有firefox
请问这有影响吗?如何解决? 谢谢!


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帖子发表于 : 2008-05-03 15:18 

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再请教下:
1.安装ksh, csh环境,需要用新立得下载哪些软件包?
2. 如何建立连接(ln)?能否给个详细的命令?
谢谢!


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7 楼 
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帖子发表于 : 2008-05-08 11:30 

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请问"仅bash环境即可"是什么意思?能否说详细一点?谢谢!


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帖子发表于 : 2008-05-09 14:05 

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按照楼主的方法成功安装,但运行时提示
/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl.exe: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

源里已经没有libtiff.so.3了。我看了一下,我的/usr/lib/中有libtiff.so.4,就建了一个连接:
sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

但系统提示:
ln: 正在访问 “/usr/lib/libtiff.so.3”: Too many levels of symbolic links

改成:
sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.3 /usr/lib/libtiff.so.4
系统没有出现错误提示。但sybyl仍然不能运行,提示错误同前:
/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl.exe: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

请楼主支招。谢谢!


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11 楼 
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救命呀!
我重启系统后,系统又提示 License Management Detected Errors:
Trying to open display on ":0.0"
Using terminal type "OGLX"
SYBYL 7.3 (linux_os2x), Created Oct 23, 2006
Copyright 1991-2006 Tripos, Inc., All Rights Reserved.
This material contains confidential and proprietary information of
Tripos, Inc. furnished under license agreement. This material may be
used or copied only in accordance with the terms of the agreement.
Molecular Silverware copyright (c) 1990 Rohm and Haas Company, All Rights
Reserved.
LICENSING MESSAGE: CPU: This platform not authorized by license. (-89,310).
Could not obtain a CPU license.

FATAL: License Management Detected Errors
请教如何解决。谢谢!


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12 楼 
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帖子发表于 : 2008-05-10 2:17 

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1.我的系统是ubuntu7.10。libmotif3这个软件包也通过新立得进行安装,并用你提供的命令进行了链接。
但是我打开浏览/usr/X11R6/lib/却看不到任何文件,用你提供的命令系统却没有提示错误(难道这步有问题?)
还有就是我的机器必须要安装yum,ksh,csh,否则老是出现no such file的错误。不知为何。
2.我在终端执行以下步骤

#ls /biosoft/tripos/AdminTools10.8/tables/(确认里面存在license_file)
#cp /biosoft/tripos/license.dat /usr/local/flexlm/licenses/

#cd /biosoft/tripos/AdminTools10.8/bin/linux/

#./lmgrd triposlm
系统出现很多信息(不是错误信息)最后光标在新的一行闪烁,等了大约3分钟没有动静。我就回车输入下面命令:

#/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl
但系统提示
/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl.exe: error while loading shared libraries: libtiff.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

源里已经没有libtiff.so.3了。
网上有人说可以用链接(ln命令)将libtiff.so.3指向libtiff.so.4.我看了一下,我的/usr/lib/中有libtiff.so.4,就建了一个连接:
sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

但系统提示:
ln: 正在访问 “/usr/lib/libtiff.so.3”: Too many levels of symbolic links

改成:
sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.3 /usr/lib/libtiff.so.4
系统没有出现错误提示。但sybyl仍然不能运行,提示错误同前
我浏览了/usr/lib/,发现libtiff.so.3文件被注“链接错误”。
请问如何撤销链接?我想撤销后再重新建一下。不知可否。

我重启系统后出现的License Management Detected Errors ,可能是没有运行你说的三步。这个我再试一下。
谢谢!


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