关于linux 下的blast（已解决）

[xbcrown]

请问，我装了sudo apt-get install blast2

后怎样处理，才可以使用blast的序列比对功能呢

网上给出的很多，主要是不明白，所以不会。希望生物信息高手能帮我下

网上的资料：
1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
若将输出格式显示为XML格式，则需
$blastall -p blastn -m 7 -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out



这上面的太烦了，看不清楚。

[enzymer]

这些步骤已经讲的比较清楚了，其中前3步和要做的实际BLAST工作没有关系

你对哪一个步骤有疑问？

[xbcrown]

这些步骤已经讲的比较清楚了，其中前3步和要做的实际BLAST工作没有关系

你对哪一个步骤有疑问？

不明白这些步骤是做什么的，特别是前3步～


所以怕修改后出什么问题

[enzymer]

假设：
你安装的blast路径为 /opt/blast/

1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
---
目的：所有用户，不管其当前路径是什么，均可以在命令行下直接调用blast包中的程序，而无需指定该程序的路径
解释：系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin，在命令行下调用blast包中的程序时，系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序
建议：简单起见，你可以略过这一步，除非你希望当使用其他用户登录后，也可以直接输入程序名来使用你安装的blast

2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
---
目的：为第3步所做的准备工作
建议：简单起见，你可以略过这一步

3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
---
纠正：这里有一些笔误，应当是编辑.bashrc文件，并在文件中加入export PATH=/home/username/bin/:$PATH;
目的：当前用户登录后，可以直接输入程序名来使用blast
建议：简单起见，你可以略过这一步

4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
---
执行：

代码： 全选

/opt/blast/bin/formatdb -i {data file here} -p F -o T

5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
---
这个没什么好说的，改个文件名

6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
---
执行：

代码： 全选

/opt/blast/bin/blastall -p blastn -d {database file here} -i test.txt -o test.out

[xbcrown]

假设：
你安装的blast路径为 /opt/blast/

1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
---
目的：所有用户，不管其当前路径是什么，均可以在命令行下直接调用blast包中的程序，而无需指定该程序的路径
解释：系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin，在命令行下调用blast包中的程序时，系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序
建议：简单起见，你可以略过这一步，除非你希望当使用其他用户登录后，也可以直接输入程序名来使用你安装的blast

2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
---
目的：为第3步所做的准备工作
建议：简单起见，你可以略过这一步

3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
---
纠正：这里有一些笔误，应当是编辑.bashrc文件，并在文件中加入export PATH=/home/username/bin/:$PATH;
目的：当前用户登录后，可以直接输入程序名来使用blast
建议：简单起见，你可以略过这一步

4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
---
执行：

代码： 全选

/opt/blast/bin/formatdb -i {data file here} -p F -o T

5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
---
这个没什么好说的，改个文件名

6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
---
执行：

代码： 全选

/opt/blast/bin/blastall -p blastn -d {database file here} -i test.txt -o test.out

太谢谢你了～

问题搞定了

我直接从第4步开始了，前面的都为了简单，省去了


可以比对了

不过发现个问题，格式化作数据库的时候，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T

如果用T命令的话输出的比对结果会将数据库里面的序列名称改变

改成F后，就好了




总之，blast搞定了