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1 楼 
 文章标题 : 关于linux 下的blast(已解决)
帖子发表于 : 2009-10-30 15:40 
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注册: 2009-09-26 11:01
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请问,我装了sudo apt-get install blast2

后怎样处理,才可以使用blast的序列比对功能呢

网上给出的很多,主要是不明白,所以不会。希望生物信息高手能帮我下

网上的资料:
1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下;
2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin;
3、在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
4、在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件,拷贝文件内容如下:
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
若将输出格式显示为XML格式,则需
$blastall -p blastn -m 7 -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out



这上面的太烦了,看不清楚。 :em06


_________________
有时候,别人突然对你说,我觉得你变了,然后自己开始百感交集。


最后由 xbcrown 编辑于 2009-11-04 16:21,总共编辑了 1 次

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2 楼 
 文章标题 : Re: 关于linux 下的blast
帖子发表于 : 2009-10-31 11:09 
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这些步骤已经讲的比较清楚了,其中前3步和要做的实际BLAST工作没有关系

你对哪一个步骤有疑问?


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3 楼 
 文章标题 : Re: 关于linux 下的blast
帖子发表于 : 2009-11-02 17:14 
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enzymer 写道:
这些步骤已经讲的比较清楚了,其中前3步和要做的实际BLAST工作没有关系

你对哪一个步骤有疑问?




不明白这些步骤是做什么的,特别是前3步~


所以怕修改后出什么问题


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有时候,别人突然对你说,我觉得你变了,然后自己开始百感交集。


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4 楼 
 文章标题 : Re: 关于linux 下的blast
帖子发表于 : 2009-11-03 18:47 
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假设:
你安装的blast路径为 /opt/blast/

1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下;
---
目的:所有用户,不管其当前路径是什么,均可以在命令行下直接调用blast包中的程序,而无需指定该程序的路径
解释:系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin,在命令行下调用blast包中的程序时,系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序
建议:简单起见,你可以略过这一步,除非你希望当使用其他用户登录后,也可以直接输入程序名来使用你安装的blast

2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin;
---
目的:为第3步所做的准备工作
建议:简单起见,你可以略过这一步

3、在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
---
纠正:这里有一些笔误,应当是编辑.bashrc文件,并在文件中加入export PATH=/home/username/bin/:$PATH;
目的:当前用户登录后,可以直接输入程序名来使用blast
建议:简单起见,你可以略过这一步

4、在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
---
执行:
代码:
/opt/blast/bin/formatdb -i {data file here} -p F -o T


5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件,拷贝文件内容如下:
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
---
这个没什么好说的,改个文件名

6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
---
执行:
代码:
/opt/blast/bin/blastall -p blastn -d {database file here} -i test.txt -o test.out


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5 楼 
 文章标题 : Re: 关于linux 下的blast
帖子发表于 : 2009-11-04 10:42 
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enzymer 写道:
假设:
你安装的blast路径为 /opt/blast/

1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下;
---
目的:所有用户,不管其当前路径是什么,均可以在命令行下直接调用blast包中的程序,而无需指定该程序的路径
解释:系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin,在命令行下调用blast包中的程序时,系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序
建议:简单起见,你可以略过这一步,除非你希望当使用其他用户登录后,也可以直接输入程序名来使用你安装的blast

2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin;
---
目的:为第3步所做的准备工作
建议:简单起见,你可以略过这一步

3、在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
---
纠正:这里有一些笔误,应当是编辑.bashrc文件,并在文件中加入export PATH=/home/username/bin/:$PATH;
目的:当前用户登录后,可以直接输入程序名来使用blast
建议:简单起见,你可以略过这一步

4、在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
---
执行:
代码:
/opt/blast/bin/formatdb -i {data file here} -p F -o T


5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件,拷贝文件内容如下:
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
---
这个没什么好说的,改个文件名

6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
---
执行:
代码:
/opt/blast/bin/blastall -p blastn -d {database file here} -i test.txt -o test.out





太谢谢你了~ :em11

问题搞定了

我直接从第4步开始了,前面的都为了简单,省去了


:em06 可以比对了

不过发现个问题,格式化作数据库的时候,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T

如果用T命令的话输出的比对结果会将数据库里面的序列名称改变

改成F后,就好了

:em06


总之,blast搞定了 :em11


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