请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

其它类软件,非上述版软件
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mollylqky
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请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#1

帖子 mollylqky » 2011-03-01 10:06

我按照网上搜索到的步骤“把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下”(来源:http://www.linuxidc.com/Linux/2008-08/14813.htm)但是第一步就出现问题。
我在Ubuntu的/usr/local/bin下无法使用粘贴功能。

在BLAST使用手册上也没找到相关信息。

希望能了解的3个问题:
1. 如题目所说在Ubuntu下能否使用Blast
2. 上述无法粘贴的问题怎样解决?如何解决?
3. 希望有经验的朋友能提供详细步骤,或相关资料的网址。


我目前是初学者,但愿与大家共同交流学习Blast的使用,Ubuntu使用,Linux系统等问题。

我的QQ号码是:965820354
邮箱是:eco_z2010@yahoo.cn

谢谢!
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#2

帖子 蒙毅酋长 » 2011-03-01 12:50

楼主是学生物的吧,这个我也没用过,不过我想以后是会用到的。我最近在用Bio-Linux,是用UBUNTU的,楼主可以看看
大容量Dropbox网盘请点http://db.tt/v9y9d8b2
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#3

帖子 tenzu » 2011-03-01 13:02

sudo提升权限试试
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#4

帖子 枫叶饭团 » 2011-03-01 13:05

用sudo打开Nautilus肯定能行
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#5

帖子 mollylqky » 2011-03-02 9:21

后来发现blast与blast+的命令不一样。
我还在继续查资料学习中...
感谢大家给我留言,帮助我!
此贴还有效哦!
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#6

帖子 xitoong » 2012-07-28 19:23

明确的告诉你,可以!
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#7

帖子 mollylqky » 2012-08-04 20:46

xitoong 写了:明确的告诉你,可以!
你好,谢谢你的回复。
后来参考网上资料,莫名其妙的安装成功,但是最近要给一台新机器安装,又出现了问题。

以下贴出我的安装步骤(参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/),请指教。

Standalone BLAST 安装步骤
1. 解压文件
命令:tar zxvpf /home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+-ia32-linux.tar.gz
2. 添加工作路径
命令:PATH=”$PATH:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
export PATH
echo $PATH
终端输出:
”/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
3. 设置数据库
1) 建立db文件夹
命令:mkdir ./blast-2.2.26+/db
2) 在/home下建立.ncbirc文件
命令:touch .ncbirc
修改.ncbirc文件
cat << END > .ncbirc
>[BLAST]
>BLASTDB=/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db
END

最后检测:发现问题!
$ blastn -help
No command 'blastn' found, did you mean:
Command 'blast' from package 'blast' (universe)
Command 'blast2' from package 'blast2' (universe)
blastn: command not found

请问是哪里出现问题?
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mollylqky
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#8

帖子 mollylqky » 2012-08-04 23:27

以上的由于路径设置发生的错误

Standalone BLAST 安装步骤
1. 解压文件
命令:tar zxvpf /home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+-ia32-linux.tar.gz
2. 添加工作路径
在/home目录下找到文件”.bashrc”,在该文见后面添加命令:
export PATH=”$PATH:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
重启系统即可
3. 设置数据库
1) 建立db文件夹
命令:mkdir ./blast-2.2.26+/db
修改.ncbirc文件
[BLAST]
BLASTDB=/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db

第二步,为修改后设置路径过程,解决7楼回复中的问题。与大家交流

数据库设置发生问题
关于数据库的设置如上第三步所示

实验命令如下,希望格式化数据文件生成于/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db目录中
$ makeblastdb -in /home/zeng/Downloads/test.fasta -dbtype prot
结果那些文件却生成于/home/zeng/Downloads目录中。。。
如何解释这个问题?
第三步的设置是否正确?
db建立后,本应发挥怎样的作用呢?
继续请教!
xitoong
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#9

帖子 xitoong » 2012-08-08 0:13

mollylqky 写了:以上的由于路径设置发生的错误

Standalone BLAST 安装步骤
1. 解压文件
命令:tar zxvpf /home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+-ia32-linux.tar.gz
2. 添加工作路径
在/home目录下找到文件”.bashrc”,在该文见后面添加命令:
export PATH=”$PATH:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
重启系统即可
3. 设置数据库
1) 建立db文件夹
命令:mkdir ./blast-2.2.26+/db
修改.ncbirc文件
[BLAST]
BLASTDB=/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db

第二步,为修改后设置路径过程,解决7楼回复中的问题。与大家交流

数据库设置发生问题
关于数据库的设置如上第三步所示

实验命令如下,希望格式化数据文件生成于/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db目录中
$ makeblastdb -in /home/zeng/Downloads/test.fasta -dbtype prot
结果那些文件却生成于/home/zeng/Downloads目录中。。。
如何解释这个问题?
第三步的设置是否正确?
db建立后,本应发挥怎样的作用呢?
继续请教!
makeblastdb生成的文件当然是本地路径,或者是-out指定的路径。db我一直认为是一些特定的数据存放的路径(具体还真没在意)。你想想如果你安装了blast,其他人调用你的程序时,难道都要向你的db文件夹写入数据?他们根本没有这个权限啊! 大哥你的linux操作水平还需要提高哦 :em11 第二步添加完路径后不需要重启,直接source ~/.bashrc 或者 . ~/.bashrc即可~ 建议你看看鸟哥的私房菜。另外对于学生物学的人来说用了一段ubuntu之后建议学习一下centos。纯属个人见解,欢迎交流~ 哈哈
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shinery
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#10

帖子 shinery » 2012-08-10 23:36

为什么不用在线版呢?
愿扣上你双手,至繁华浪处到沙丘。
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Re: 请问[关于生物信息学]:Ubuntu下能否使用Blast

#11

帖子 zhw2101024 » 2012-10-12 14:03

不需要自己去下载安装啊,根据命令提示系统里应该有一个叫“blast”的软件包。用sudo apt-get install blast就能安装了,而且可以在线升级
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