安装R的很多包都安装不了,但是bioconductor上是有的

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优子笑笑
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安装R的很多包都安装不了,但是bioconductor上是有的

#1

帖子 优子笑笑 » 2017-01-03 9:59

> install.packages("biomaRt")
将程序包安装入‘/home/wuxiaoyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’
(因为‘lib’没有被指定)
--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 ---
Warning: failed to download mirrors file (cannot download all files); using local file '/usr/share/R/doc/CRAN_mirrors.csv'
Warning messages:
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
downloaded length 0 != reported length 24169
2: package ‘biomaRt’ is not available (for R version 3.3.2)



其次:
使用bioconductor安装出现
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: survival
这是什么意思,我的r是自己升级了,原来ubuntu16.04 的是3.2.3版本,是这个影响吗,完全不懂
dddp
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Re: 安装R的很多包都安装不了,但是bioconductor上是有的

#2

帖子 dddp » 2017-03-27 21:49

优子笑笑 写了:> install.packages("biomaRt")
将程序包安装入‘/home/wuxiaoyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’
(因为‘lib’没有被指定)
--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 ---
Warning: failed to download mirrors file (cannot download all files); using local file '/usr/share/R/doc/CRAN_mirrors.csv'
Warning messages:
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
downloaded length 0 != reported length 24169
2: package ‘biomaRt’ is not available (for R version 3.3.2)



其次:
使用bioconductor安装出现
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: survival
这是什么意思,我的r是自己升级了,原来ubuntu16.04 的是3.2.3版本,是这个影响吗,完全不懂
R包升级太新不是好事 一些包不支持新版,非得要用只能降级了
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