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1 楼 
 文章标题 : using regex in bash like in perl?
帖子发表于 : 2008-06-03 13:30 

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"bash is awesome". that is a popular sentense

我的问题,:

1. 我以前用perl已经比较顺利了.
用 shell的时候, 在正则表达式的使用上遇上了难题.
比如在perl里, 可以用以下测试;
代码:
if ($line=~/>/)#这样可以找出DNA序列文件, fasta格式中的头行


甚至

代码:
if ($line=~/>(Os01g........)/)#可以找出基因的ID号$1


在shell里不知道有没有相应的命令.

2. 在perl里,经常读入一行文本, 然后用

代码:
@row=split "\t", $line;
...get the fields i need,
...sometime edit the fields
...for example "134-341", which is split to $num1=134, and $num2=341 further,
...then i can use this position to get DNA sequence from the genome
...something like that


在bash里也没有找到相应的命令,

我看了grep, sed, awk, 也看了别人用eval, 显然这些都很能达到目的.

^_^[/list]


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2 楼 
 文章标题 :
帖子发表于 : 2008-06-03 19:10 
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引用:
☎ bash --version
GNU bash, version 3.2.33(1)-release (i486-pc-linux-gnu)
Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc.

一句话,就是判断的时候,什么 “ ‘ 都不需要。今天害我搞晕了的。

if [[ $1 =~ .*\-.* ]]; then


_________________
● 鸣学


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