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1 楼 
 文章标题 : 帮忙看一下这段脚本是做甚么的
帖子发表于 : 2009-08-20 10:12 

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请帮忙解释一下这段脚本:
If you have a Linux Beowulf cluster,you can perform the individual dockings in parallel. Continuing with our example, instead of executing the body of the above loop,we will write it into a series of *.job files and use qsub (a PBS command)to schedule them to be executed by the cluster:

代码:
for f in ligand_*.pdbqt; do
    b=`basename $f .pdbqt`
    echo Processing ligand $b
    j=${b}.job
    d=`pwd`
    mkdir -p $b
    echo "#! /bin/bash" > $j
    echo "cd $d" >> $j
    echo "vina --config conf.txt --cpu 1 --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.txt > ${b}/stdout 2> ${b}/stderr" >> $j
    chmod +x $j
    qsub -l cput=00:30:00 -l nodes=1:ppn=1 -l walltime=00:30:00 -l mem=512mb $j
done


最后由 syfnet 编辑于 2009-08-20 10:26,总共编辑了 1 次

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2 楼 
 文章标题 : Re: 帮忙看一下这段脚本是做甚么的
帖子发表于 : 2009-08-20 10:16 
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你找qsub是干嘛的啊


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3 楼 
 文章标题 : Re: 帮忙看一下这段脚本是做甚么的
帖子发表于 : 2009-08-20 10:24 

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这段脚本是别人编写的,我只是拿来用,为更好的使用先要搞清一下原理。应当是一段并行运算的程序吧,但具体事项不清楚,其中vina是一个可执行程序。


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4 楼 
 文章标题 : Re: 帮忙看一下这段脚本是做甚么的
帖子发表于 : 2009-08-20 10:27 
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vina又没执行,执行的是qsub。

难道你被愚弄了?


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5 楼 
 文章标题 : Re: 帮忙看一下这段脚本是做甚么的
帖子发表于 : 2009-08-20 10:35 
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vina有执行 in xx.job..


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6 楼 
 文章标题 : Re: 帮忙看一下这段脚本是做甚么的
帖子发表于 : 2009-08-20 10:42 

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难道是分配每一个工作到不同的cpu?


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