新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

Ubuntu中文汉化版
回复
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

#1

帖子 biowee » 2007-01-12 20:15

BioInfoServ是一个基于Xubuntu LTS、Deepin Linux和Linux Mint构建和开发,以生命科学研究及生物信息分析为应用目的的生物信息平台系统。BioInfoServ具有良好的生物信息运行环境及用户分析界面,包含上百个生物信息应用软件, 能有效地完成生物数据处理、序列比对分析、结构功能预测、分子模拟与进化研究、文献管理及论文写作等科研分析工作,是生命科学家或生物学家良好的科研分析平台。

当前新版本为5.03,新版的硬件需求如下:

处理器(CPU):>=2.0GHz
内存(Memory):>=1000M
光驱:CD读取速度>=24X,DVD读取速度>=16X,缓存>=512K
硬盘:转速>=5200,空间大小>=10G。

BioInfoServ官方站点:http://www.bioinfoserv.org

系统特性
系统预览
系统手册
光盘下载
安装配置
硬件驱动
优化美化
生物信息
bioinfoserv5.0-dist.png
bioinf.png
最新动向

BioInfoServ目前获得的成果主要应用于32位硬件平台,随着64位Xubuntu、Deepin Linux和Linux Mint的成熟,BioInfoServ 64位硬件系统将正式开启。

而BioInfoServ云计算基于64位的BioInfoServ进行。BioInfoServ Cloud是一个基于VirtalBox和Extendable Gmod Cloud虚拟服务器计划。届时,BioInfoServ云端将整合BioInfoServ 5.0的特性和GUI桌面操作环境(Xfce4)推出,Extendable Gmod Cloud(将会包含Chado数据库、GBrowse2、JBrowse、Tripal、Apollo/WebApollo、Galaxy、Canto、ISGA等)​也会以单独的安装包释放,方便大家使用,敬请期待!

*Gmod Cloud:一个以Amazon EC2和Amazon EBS为服务器,即Amazon's Cloud(目前在生物信息领域普遍采用的、付费性质的云计算解决方案,如Cloud Bio-Linux、VIPDAC),并预安装和配置 Chado数据库、GBrowse2、JBrowse、Tripal和Apollo/WebApollo等Gmod的云计算组件,是基因组注释及可视化、数据挖掘、生物信息数据库建设及在线数据发布的综合性平台。

图片
上次由 biowee 在 2014-02-23 13:02,总共编辑 28 次。
头像
huangjiahua
帖子: 3294
注册时间: 2005-03-30 0:27
送出感谢: 0
接收感谢: 1 次
联系:

#2

帖子 huangjiahua » 2007-01-14 1:24

用什么画如 维生素B12的立体图形呢


BTW: 海微兼容层 升级至 hiweedlayer-0.0.4
跃过无数的时间断层,只为了在
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

这个

#3

帖子 biowee » 2007-01-15 0:50

这个很简单,去国际分子结构数据库下载一个结构数据文件,然后采用三维查看软件来调整显示的方位和颜色,各个原子的显示模式。对于很多已知结构的物质,已经不需要自己许手工画,因为科学家已经将他的机构绘制出来,剩下的就只需要把它结构数据打开。三维空间查看的软件,有很多如xmakeMol.下图就是它的启动界面:
相应的分子3D数据库连接:http://www.umass.edu/microbio/rasmol/otherweb.htm

如果实在要画三位图,可以试试ghchem,不过它好像在nvidia-glx下无法运行。
附件
menu-6.png
上次由 biowee 在 2007-01-15 14:16,总共编辑 2 次。
头像
wyg1258
帖子: 654
注册时间: 2006-09-12 19:44
来自: whu
送出感谢: 0
接收感谢: 0

#4

帖子 wyg1258 » 2007-01-15 9:45

支持一个~~
希望内核内用 21 的
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

呵呵,这个

#5

帖子 biowee » 2007-01-15 10:28

这个内核可不是21的,是26的
头像
wyg1258
帖子: 654
注册时间: 2006-09-12 19:44
来自: whu
送出感谢: 0
接收感谢: 0

#6

帖子 wyg1258 » 2007-01-15 11:12

我是指的 2.6.21
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

我采用的dapper

#7

帖子 biowee » 2007-01-15 14:07

这套系统用的是Ubuntu(dapper Drake), kernel 2.6.15-27-386,是随ubuntu 6.06 LTS的内核变化而升级的,没有去折腾高版本的内核,随官方进行升级,不敢贸然行动,虽然系统已经进行过镜像备份。不过,如果觉得必要可以去试。
zhaoshuyong
帖子: 29
注册时间: 2005-10-23 21:02
送出感谢: 0
接收感谢: 0

太好了

#8

帖子 zhaoshuyong » 2007-01-22 21:34

如果能够制作成光盘的安装版本那就太好了。

辛苦工作阿

我是搞基础医学的,如果有这个就基本可以摆脱win了。

顺便说一句,最近熊猫烧香很火啊
tomorrow is another day!
向帮我们打开linux大门的无私的软件编辑者,帮助提供者们表示最大的尊敬!!
tinysheep.blog.sohu.com
头像
woainba15
帖子: 833
注册时间: 2006-11-11 17:14
来自: 浙江宁波
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

#9

帖子 woainba15 » 2007-01-26 18:45

厉害,今天刚装了hiweed,真的是很不错啊,至少把我想要装的东西全都装上去了,挺爽的!!很符合那句话呢!
时间过得快啊!
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

一直在测试稳定性和筛选更好的软件

#10

帖子 biowee » 2007-01-27 11:41

如果能够制作成光盘的安装版本那就太好了。

辛苦工作阿

我是搞基础医学的,如果有这个就基本可以摆脱win了。
我以后的工作性质基本跟你相同,不过我也还在测试筛选更好的生物软件,而且很多需要配置、菜单定制。摆脱windows时,可能还不太现实,其实最主要的原因是office系统。如果要教学的话,自己使用openoffice来写的幻灯之类拿到多媒体教室播放可能就要出现格式上的问题(当然,只要解决了office,那么我们可以把windows丢开了)。

我也计划把这个定制系统作成安装光盘,当然如果你先使用我现在的定制系统,我可以开个地址把ghost文件给你。使用的时候,只要用恢复到硬盘分区上,然后做简单的配置有应该就可以使用了。
头像
huangjiahua
帖子: 3294
注册时间: 2005-03-30 0:27
送出感谢: 0
接收感谢: 1 次
联系:

#11

帖子 huangjiahua » 2007-01-27 17:35

有劳 biowee 兄了
跃过无数的时间断层,只为了在
aluya
帖子: 56
注册时间: 2006-11-22 12:00
来自: beijing
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

#12

帖子 aluya » 2007-01-29 16:36

向奋斗在开源第一线的兄弟致敬!虽不能达到你们的水平,可一直崇拜你们的精神。希望能交个朋友。。
生命在于折腾!
吃饭是为了有力气减肥,
减肥是为了吃更多的饭。
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

基于Hiweed-Linux FAQ使用手册基本完成

#13

帖子 biowee » 2007-02-03 17:46

基于Hiweed-Linux FAQ使用手册基本完成,可到http://bioinfoserv.vicp.net/BioLinux/uploads/bioinfoservFAQ/index-zh_CN.html查看,准备着手DVD 光盘的制作了。

同时系统又更新了新的生物软件,如InterproScan(jips),wEMBOSS,phpPhyloTree, Sequence Manipulation Suite等网络生物应用程序和一些生物教程,如Beginning Perl for Bioinformatics, PROTOCOLS FOR RECOMBINANT DNA ISOLATION, CLONING, and SEQUENCING,基因和蛋白质分析的实用指南和自行编写的“生物信息环境构建”幻灯等。
附件
xfce15-menu-2.png
头像
zmcbb30
帖子: 2717
注册时间: 2006-09-30 0:32
来自: 巴拉特星系第四行星──海尼森
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

#14

帖子 zmcbb30 » 2007-02-03 22:46

请问一下lz那么多专业软件在哪里找的?
免费吗?有无其他学科?如工程力学,结构计算之类
附件
1.PNG
鸟巢结构分析
头可断,血可流,靓女不可不追求
相艾唔好口,够姜就只抽

BARTON 2500+/1536MDDR400
EP8RDA3G/MX4000 128M64bit 8X
DiamondPlus9-6Y080L0-ATA133
Samsung743DF
HiweedDesktop-1.0
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
送出感谢: 0
接收感谢: 0
联系:

寻找专业软件,

#15

帖子 biowee » 2007-02-04 14:52

寻找到的专业软件当然多是免费的,至少也是自由软件。方法很简单,采用googel来搜索,比如我的生物软件就使用biolinux+debian+ubuntu,或者biology+debian+Ubuntu,你会搜索到很多相关的网页,这些网页都有很多软件介绍,然后找到这些软件名称,再回到Ubuntu中的软件仓库中寻找。而且还有很多网站直接介绍Ubuntu下的行业软件。当然,你还可以直接在synaptic中分类中来寻找(前提是你在其中添加相应的sources,这些源需要自己寻找收集),同时键入关键性的行业词也是可以搜索的,如Engineer/Engineering, Physics。对于您贴出来的SAP200,我想在Ubuntu中有替代软件,可以去寻找。此外,在Edubuntu中,也有很多资源,您可以采用education在synaptic中搜索,通过它,你可以了解很多行业方面的软件。

还有像http://linuxappfinder.com/这样的站点,也是很值得去关注的,可以让你快速寻找资源.http://linuxappfinder.com/scientificand ... 和科学方面的软件介绍
附件
xfce16-menu-2.png
回复

回到 “Ubuntu中文衍生版”