新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算
- huangjiahua
- 帖子: 3294
- 注册时间: 2005-03-30 0:27
- 联系:
-
- 帖子: 1074
- 注册时间: 2006-01-18 15:01
- biowee
- 帖子: 287
- 注册时间: 2006-07-31 22:55
- 联系:
可以考虑
呵呵,可以考虑,不过没去细研究怎么加入,请你简单介绍下如何加入。
当然,不知道过了这个春节以后是不是有足够的时间去投入。因为自己以前虽然是学生物的,但是是农业生物,而以后的工作性质为医学生物,自己还得在这个方面一边给学生上课,一边还得自己恶补才行。
不过,我还是会努力关注的,而且现在基本就使用定制的BioInofServ desktop 1.0,windows系统基本告别(希望哪天把硬盘分区也全部转换为linux下的文件系统格式,告别fat32和NTFS),我完全这套系统里找到了归属,因此计划把这套系统带到我的工作中去。
当然,不知道过了这个春节以后是不是有足够的时间去投入。因为自己以前虽然是学生物的,但是是农业生物,而以后的工作性质为医学生物,自己还得在这个方面一边给学生上课,一边还得自己恶补才行。
不过,我还是会努力关注的,而且现在基本就使用定制的BioInofServ desktop 1.0,windows系统基本告别(希望哪天把硬盘分区也全部转换为linux下的文件系统格式,告别fat32和NTFS),我完全这套系统里找到了归属,因此计划把这套系统带到我的工作中去。
上次由 biowee 在 2007-02-06 16:49,总共编辑 1 次。
- biowee
- 帖子: 287
- 注册时间: 2006-07-31 22:55
- 联系:
Phred/Phrap/Consed
了解了一下,Phred/Phrap/Consed是为了自动完成从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列去除、序列自动拼接、重复序列鉴定以及序列的相似性分析所开发的一个软件包,张成岗等人好像对这个有较深的研究(基于PC/Linux的核酸序列分析系统的 构建及其应用,生物化学与生物物理进展,2001,Vol.28, No.2:263),要构建它应该不难。其实,另外一套生物软件平台staden也可以完成你的需求。
- biowee
- 帖子: 287
- 注册时间: 2006-07-31 22:55
- 联系:
系统定制过程,用到的软件仓库和安装列表
下资源列表,是我在定制过程中所使用的,至于软件安装列表请见附件(下载后,将其修改*.log,采用文本编辑器打开就可以了,如果你需要将这个列表的软件还原到你的系统软件安装中,可以采用dpkg –set-selections < installed-software.log,然后使用我提供的软件仓库列表,进行dselect安装就可以了,这种方式基本可以复制我目前使用系统80%的定制结果),不过这个列表不包括系统定制所有的软件,因为有些软件是基于web server,有些基于jar,还有的基于非ubuntu仓库的,不过可以提供给大家参考共享。
deb http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb-src http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-proposed main multiverse restricted universe
deb-src http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/ubuntu-cn/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb-src http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
## Use these
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb-src http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://ubuntu.cnsite.org/ubuntu/ dapper main multiverse restricted universe
deb-src http://ubuntu.cnsite.org/ubuntu/ dapper main multiverse restricted universe
## ubuntu-cn
deb http://archive.ubuntu.org.cn/ubuntu-cn dapper main universe multiverse restricted
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper universe
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper universe
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
## XGL and alglx
deb http://www.beerorkid.com/compiz dapper main aiglx
deb http://www.beerorkid.com/compiz dapper main
## Tapioca VoIP , Support Gtalk
deb http://extindt01.indt.org/VoIP/apt dapper main
## wine
deb http://wine.budgetdedicated.com/apt dapper main
## ntfs-3g
deb http://flomertens.keo.in/ubuntu/ dapper main
## dir2ogg xmms-wmv divx4linux googleearth skype w32codecs
deb http://packages.freecontrib.org/ubuntu/plf/ dapper free non-free
##下面的很有特色的生物软件资源仓库
#Debian bioinformatics
deb http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/ stable main
deb http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/ unstable main
#moeller
deb http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.d ... er/debian/ ./
#BioLinux-BR
deb http://biolinux.df.ibilce.unesp.br/pacotes/deb ./
#debian-Med
deb http://www.debian.org/devel/debian-med/ ./
#bio-linux distributions,推荐使用这个生物资源仓库
deb http://envgen.nox.ac.uk/bio-linux/ unstable bio-linux
deb http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb-src http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-proposed main multiverse restricted universe
deb-src http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/ubuntu-cn/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb-src http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
## Use these
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb-src http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://ubuntu.cnsite.org/ubuntu/ dapper main multiverse restricted universe
deb-src http://ubuntu.cnsite.org/ubuntu/ dapper main multiverse restricted universe
## ubuntu-cn
deb http://archive.ubuntu.org.cn/ubuntu-cn dapper main universe multiverse restricted
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper universe
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper universe
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
## XGL and alglx
deb http://www.beerorkid.com/compiz dapper main aiglx
deb http://www.beerorkid.com/compiz dapper main
## Tapioca VoIP , Support Gtalk
deb http://extindt01.indt.org/VoIP/apt dapper main
## wine
deb http://wine.budgetdedicated.com/apt dapper main
## ntfs-3g
deb http://flomertens.keo.in/ubuntu/ dapper main
## dir2ogg xmms-wmv divx4linux googleearth skype w32codecs
deb http://packages.freecontrib.org/ubuntu/plf/ dapper free non-free
##下面的很有特色的生物软件资源仓库
#Debian bioinformatics
deb http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/ stable main
deb http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/ unstable main
#moeller
deb http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.d ... er/debian/ ./
#BioLinux-BR
deb http://biolinux.df.ibilce.unesp.br/pacotes/deb ./
#debian-Med
deb http://www.debian.org/devel/debian-med/ ./
#bio-linux distributions,推荐使用这个生物资源仓库
deb http://envgen.nox.ac.uk/bio-linux/ unstable bio-linux
- 附件
-
- installed-software.log.ace
- (33.84 KiB) 已下载 2027 次
-
- 帖子: 1074
- 注册时间: 2006-01-18 15:01
- huangjiahua
- 帖子: 3294
- 注册时间: 2005-03-30 0:27
- 联系:
biowee 有空就考虑加入 debian-med 吧
A project to customise the distribution for the needs of medical practice and research.
www.debian.org/devel/debian-med/
xiechy 加油干
A project to customise the distribution for the needs of medical practice and research.
www.debian.org/devel/debian-med/
xiechy 加油干
跃过无数的时间断层,只为了在
-
- 帖子: 1074
- 注册时间: 2006-01-18 15:01
- biowee
- 帖子: 287
- 注册时间: 2006-07-31 22:55
- 联系:
bioinfoserv Desktop1.0硬盘ghost文件已经提供下载(9:00-23:00)
现在将定制在我本地硬盘的bioinfoserv Desktop1.0硬盘镜像释放出来。
这个GHOST文件有2G,请大家下载的时候限制线程数量,别把我的机器拖垮了,因为我提供服务的机器配置较差---奔III 600M的机器, 256M RAM,而且显卡还有毛病,如果您在下载过程中,出现无法连接或者超低速度,说明我的机器不堪重负。当然,如果你有空间提供我上载,那么请留言。superspecter007提供的地址不能建立文件夹。
还原安装BioInfoserv Desktop 1.0前,请您务必仔细阅读使用说明,这里面有较为详细地说明。
下载服务时间:9:00-23:00,需要者请自行下载,地址在ftp://bioinfoserv.vicp.net(注意这个地址有些地方不能访问,都怪重庆电信的DNS服务解析有问题)。
完成系统的镜像还原安装,如果系统启动后不能运行图形登陆界面,那么采用ctrl+alt+F2切换到终端,输入sudo dpkg-reconfigurexserver-xorg对您的硬件驱动进行重新配置,多数情况下,这个配置程序会自动地探测适合您的驱动程序,您所做的就是只需要按其默认值进行确认就可以了.
系统用户名/密码:biowee/bioinfoserv
还原安装本系统,由于涉及需要给到给本系统划出单独根分区和交换分区,请你在磁盘分区操作前保持头脑清醒,请你备份自己重要的数据资料。
Live cd的还在测试制作中,问题还不少,哪位下载后如能把本ghost作成live cd并提供出下载地址,将是大家的福音。
这个GHOST文件有2G,请大家下载的时候限制线程数量,别把我的机器拖垮了,因为我提供服务的机器配置较差---奔III 600M的机器, 256M RAM,而且显卡还有毛病,如果您在下载过程中,出现无法连接或者超低速度,说明我的机器不堪重负。当然,如果你有空间提供我上载,那么请留言。superspecter007提供的地址不能建立文件夹。
要安装这个GHO文件到硬盘,请你使用光盘版ghost for dos或者采用ghost for win32。Linuxsir.org的FTP
服务器:www.linuxsir.org
端口:21
用户名:upload
密码:upload
在根目录下建立你的目录,然后上传
在download.linuxsir.org下找到你的目录,找到你上传的文件就可以下载了。
还原安装BioInfoserv Desktop 1.0前,请您务必仔细阅读使用说明,这里面有较为详细地说明。
下载服务时间:9:00-23:00,需要者请自行下载,地址在ftp://bioinfoserv.vicp.net(注意这个地址有些地方不能访问,都怪重庆电信的DNS服务解析有问题)。
完成系统的镜像还原安装,如果系统启动后不能运行图形登陆界面,那么采用ctrl+alt+F2切换到终端,输入sudo dpkg-reconfigurexserver-xorg对您的硬件驱动进行重新配置,多数情况下,这个配置程序会自动地探测适合您的驱动程序,您所做的就是只需要按其默认值进行确认就可以了.
系统用户名/密码:biowee/bioinfoserv
还原安装本系统,由于涉及需要给到给本系统划出单独根分区和交换分区,请你在磁盘分区操作前保持头脑清醒,请你备份自己重要的数据资料。
Live cd的还在测试制作中,问题还不少,哪位下载后如能把本ghost作成live cd并提供出下载地址,将是大家的福音。
- biowee
- 帖子: 287
- 注册时间: 2006-07-31 22:55
- 联系:
鉴于很多其他地区的人反映不能登录我的个人站点
我的个人站点是用ADSL+花生壳做的,目前有很多人反应不能登录,这个最主要的问题是重庆电信的DNS解析有问题,解决的方式请在自己的IP(TCP/TP)的DNS服务中加入61.128.128.67。
下图是网域科技(http://www.oray.net/Domain/#ajax&opt=ip)查询的结果,表明花生壳解析是没有问题的,问题是我所在地区的DNS解析有问题:
下图是网域科技(http://www.oray.net/Domain/#ajax&opt=ip)查询的结果,表明花生壳解析是没有问题的,问题是我所在地区的DNS解析有问题:
- 附件
-
- bioinfoserv-ip.jpg (10.73 KiB) 查看 5043 次
-
- bioinfoserv-ip.png (4.21 KiB) 查看 5045 次
- huangjiahua
- 帖子: 3294
- 注册时间: 2005-03-30 0:27
- 联系: