新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

Ubuntu各种衍生版本
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huangjiahua
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#16

帖子 huangjiahua » 2007-02-04 21:36

赞,

不过那 FAQ 里文字介绍 (比如 firefox 插件说明 ) 跟 命令一样用 <pre> 了
<pre> 不会自动换行,适合贴命令,但是文字介绍还是有换行好些,

如果文字介绍用的 <pre> 标签 改为 <quote>,再在样式表里照 pre 加个 quote,
可能会更好些。
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biowee
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呵呵,学习到了

#17

帖子 biowee » 2007-02-04 23:30

呵呵,又学习到了,FAQ进行了一定程度的修正和更新。
xiechy
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#18

帖子 xiechy » 2007-02-06 3:03

biowee兄,有考虑过加入debian-med吗?现在debian-med很缺人阿。有很多ITP都放在那里没时间管。我看你这里的包,还是很多需要上游支援的阿。
我也是刚刚加入的,马上来拉人~~
bacchus
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#19

帖子 bacchus » 2007-02-06 15:57

I need phred,phrap and consed...
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biowee
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可以考虑

#20

帖子 biowee » 2007-02-06 16:15

呵呵,可以考虑,不过没去细研究怎么加入,请你简单介绍下如何加入。

当然,不知道过了这个春节以后是不是有足够的时间去投入。因为自己以前虽然是学生物的,但是是农业生物,而以后的工作性质为医学生物,自己还得在这个方面一边给学生上课,一边还得自己恶补才行。

不过,我还是会努力关注的,而且现在基本就使用定制的BioInofServ desktop 1.0,windows系统基本告别(希望哪天把硬盘分区也全部转换为linux下的文件系统格式,告别fat32和NTFS),我完全这套系统里找到了归属,因此计划把这套系统带到我的工作中去。
上次由 biowee 在 2007-02-06 16:49,总共编辑 1 次。
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Phred/Phrap/Consed

#21

帖子 biowee » 2007-02-06 16:32

了解了一下,Phred/Phrap/Consed是为了自动完成从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列去除、序列自动拼接、重复序列鉴定以及序列的相似性分析所开发的一个软件包,张成岗等人好像对这个有较深的研究(基于PC/Linux的核酸序列分析系统的 构建及其应用,生物化学与生物物理进展,2001,Vol.28, No.2:263),要构建它应该不难。其实,另外一套生物软件平台staden也可以完成你的需求。
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系统定制过程,用到的软件仓库和安装列表

#22

帖子 biowee » 2007-02-06 22:37

下资源列表,是我在定制过程中所使用的,至于软件安装列表请见附件(下载后,将其修改*.log,采用文本编辑器打开就可以了,如果你需要将这个列表的软件还原到你的系统软件安装中,可以采用dpkg –set-selections < installed-software.log,然后使用我提供的软件仓库列表,进行dselect安装就可以了,这种方式基本可以复制我目前使用系统80%的定制结果),不过这个列表不包括系统定制所有的软件,因为有些软件是基于web server,有些基于jar,还有的基于非ubuntu仓库的,不过可以提供给大家参考共享。

deb http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb-src http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-proposed main multiverse restricted universe
deb-src http://ubuntu.csie.ntu.edu.tw/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse

deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/archive/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://mirror.lupaworld.com/ubuntu/ubuntu-cn/ dapper main restricted universe multiverse

deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb-src http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse

## Use these
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb-src http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://mirror.vmmatrix.net/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse

deb http://ubuntu.cnsite.org/ubuntu/ dapper main multiverse restricted universe
deb-src http://ubuntu.cnsite.org/ubuntu/ dapper main multiverse restricted universe

## ubuntu-cn
deb http://archive.ubuntu.org.cn/ubuntu-cn dapper main universe multiverse restricted
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper universe
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper universe
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse

## XGL and alglx
deb http://www.beerorkid.com/compiz dapper main aiglx
deb http://www.beerorkid.com/compiz dapper main

## Tapioca VoIP , Support Gtalk
deb http://extindt01.indt.org/VoIP/apt dapper main

## wine
deb http://wine.budgetdedicated.com/apt dapper main

## ntfs-3g
deb http://flomertens.keo.in/ubuntu/ dapper main

## dir2ogg xmms-wmv divx4linux googleearth skype w32codecs
deb http://packages.freecontrib.org/ubuntu/plf/ dapper free non-free

##下面的很有特色的生物软件资源仓库
#Debian bioinformatics
deb http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/ stable main
deb http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/ unstable main
#moeller
deb http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.d ... er/debian/ ./
#BioLinux-BR
deb http://biolinux.df.ibilce.unesp.br/pacotes/deb ./
#debian-Med
deb http://www.debian.org/devel/debian-med/ ./
#bio-linux distributions,推荐使用这个生物资源仓库
deb http://envgen.nox.ac.uk/bio-linux/ unstable bio-linux
附件
installed-software.log.ace
(33.84 KiB) 已下载 2027 次
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#23

帖子 xiechy » 2007-02-06 23:29

moeller就是现在debian-med的leader之一阿。
首先订阅debian-med的邮件列表,然后直接和里面的人商量吧。
之后到alioth.debian.org注册个账号,然后由debian-med的管理员把你添加入developer名单,接着就可以用svn远程处理了。
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huangjiahua
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#24

帖子 huangjiahua » 2007-02-06 23:29

biowee 有空就考虑加入 debian-med 吧
A project to customise the distribution for the needs of medical practice and research.
www.debian.org/devel/debian-med/

xiechy 加油干
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#25

帖子 xiechy » 2007-02-06 23:42

呵呵,谢谢华华鼓励~~其实我也就是打打包什么的,感觉debian真是对版权看的很重阿,在打包的软件中不能有non-free的,如果有用到,就只能是以contrib发布,就算是本身是GPL的也不行,本来以为打包很简单,后来发觉只能用gcj,不能用sun-java,只能用hevea,不能用latex2html,patch起来就烦了不少~~这个文档什么的现在只好是问latex2html的作者,能不能够把它用GPL发布,这样就可以避开版权问题~~不知道这个要求作者会不会同意~~
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bioinfoserv Desktop1.0硬盘ghost文件已经提供下载(9:00-23:00)

#26

帖子 biowee » 2007-02-09 0:53

现在将定制在我本地硬盘的bioinfoserv Desktop1.0硬盘镜像释放出来。

这个GHOST文件有2G,请大家下载的时候限制线程数量,别把我的机器拖垮了,因为我提供服务的机器配置较差---奔III 600M的机器, 256M RAM,而且显卡还有毛病,如果您在下载过程中,出现无法连接或者超低速度,说明我的机器不堪重负。当然,如果你有空间提供我上载,那么请留言。superspecter007提供的地址不能建立文件夹。
Linuxsir.org的FTP
服务器:www.linuxsir.org
端口:21
用户名:upload
密码:upload

在根目录下建立你的目录,然后上传

在download.linuxsir.org下找到你的目录,找到你上传的文件就可以下载了。
要安装这个GHO文件到硬盘,请你使用光盘版ghost for dos或者采用ghost for win32。

还原安装BioInfoserv Desktop 1.0前,请您务必仔细阅读使用说明,这里面有较为详细地说明

下载服务时间:9:00-23:00,需要者请自行下载,地址在ftp://bioinfoserv.vicp.net(注意这个地址有些地方不能访问,都怪重庆电信的DNS服务解析有问题)。

完成系统的镜像还原安装,如果系统启动后不能运行图形登陆界面,那么采用ctrl+alt+F2切换到终端,输入sudo dpkg-reconfigurexserver-xorg对您的硬件驱动进行重新配置,多数情况下,这个配置程序会自动地探测适合您的驱动程序,您所做的就是只需要按其默认值进行确认就可以了.

系统用户名/密码:biowee/bioinfoserv

还原安装本系统,由于涉及需要给到给本系统划出单独根分区和交换分区,请你在磁盘分区操作前保持头脑清醒,请你备份自己重要的数据资料。

Live cd的还在测试制作中,问题还不少,哪位下载后如能把本ghost作成live cd并提供出下载地址,将是大家的福音。
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鉴于很多其他地区的人反映不能登录我的个人站点

#27

帖子 biowee » 2007-02-11 22:12

我的个人站点是用ADSL+花生壳做的,目前有很多人反应不能登录,这个最主要的问题是重庆电信的DNS解析有问题,解决的方式请在自己的IP(TCP/TP)的DNS服务中加入61.128.128.67。

下图是网域科技(http://www.oray.net/Domain/#ajax&opt=ip)查询的结果,表明花生壳解析是没有问题的,问题是我所在地区的DNS解析有问题:
附件
bioinfoserv-ip.jpg
bioinfoserv-ip.jpg (10.73 KiB) 查看 5043 次
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bioinfoserv-ip.png (4.21 KiB) 查看 5045 次
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更正

#28

帖子 biowee » 2007-02-11 22:41

修改为61.139.2.69,这是四川电信的DNS,成都的朋友采用这个DNS可以访问我的站点
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huangjiahua
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#29

帖子 huangjiahua » 2007-02-12 7:29

要不试试用 cn99 的 3322 动态域名吧
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已经试用,还不错

#30

帖子 biowee » 2007-02-14 22:46

的确不错,这个动态域名,还不用装客户软件,采用lynx就可实现域名的动态解析。值得一体的是google居然还是检索到了我的个人站点:http://www.google.com/search?q=bioinfos ... unofficial], google的搜索结果,第二项就是我的个人站点
上次由 biowee 在 2007-02-14 22:57,总共编辑 4 次。
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