新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

[wangboe]

赞一个，楼主辛苦了。虽然不会用的到你的系统，还是很钦佩的

[biowee]

首先要申明的是，安装时采用的是虚拟机（virtualbox，以前采用vmwareplayer没有出现以下问题，只是整理硬盘时将原有rays安装删除)安装的，目的只有一个，为rays2.0迁移生物信息软件包，但是，今日发现安装rays2.0后，安装完毕重新启动，virtualbox虚拟的显卡没有得到识别，卡在tty1下，其他控制台都没法调用，用户名和密码均还没有添加。http://forum.openrays.org/read-htm-tid-5058.html中的解决方式亦无效。如下图，如何才能得到解决？




另外，从上面的图片可以看出，rays2.0移植了一些ubuntu中的软件包？希望rays在拥有自己的特色情况下，能和ubuntu这样一些版本有良好的兼容性，让linux世界彼此多一些兼容。为此，在迁移生物信息软件包的时候，也考虑到了这个问题：BioInfoServDeb将能充分地运行于debian为基础的发行版本上。


现在在启动的时候修改启动选项，直接修改为单用户模式（下图，参照ubuntu的方式，添加single），仍然不能解决。

[biowee]

由于crossOver pro 6.2的释放，现在运行一些windows下的软件更为流畅，现释放几个通过wine技术运行十分流畅的几个windows软件：

flashget 1.9.2.1028通过打包后的软件名为bioinfoserv-flashget
foobar2000通过打包后的软件名为bioinfoserv-foobar2000
UltraEdit-32通过打包后的软件名为bioinfoserv-UltraEdit-32

这几个运行需要先安装bioinfoserv-crossoverOffice-6.2。如果你想尝试，以下是这几个软件包的地址：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 1_i386.deb
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... a_i386.deb
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 8_i386.deb
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... a_i386.deb

另外采用crossoverOffice-6.2，Microsoft Office 2003运行也十分流畅。

[biowee]

再增加几个wine技术软件，它们是：

IE浏览器bioinfoserv-InternetExplorer：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 5_i386.deb

程序代碼编辑器bioinfoserv-Notepad++：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 5_i386.deb

网页下载利器bioinfoserv-webdup：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... a_i386.deb

FTP站点文件打印器bioinfoserv-FTPList：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... t_i386.deb

抓图软件bioinfoserv-HyperSnap-DX5：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 5_i386.deb

文档压缩bioinfoserv-WinRAR：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 0_i386.deb

TencentQQ（基于huangjiahua的制作打包）：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 1_i386.deb

[huwenhuo]

这个是玩物丧志啊。

没啥意思。有这时间，还不如多搞几个软件安装包。

[biowee]

谢谢提醒，不过只是为了方便使用，解决实际之需要，尽管有人不喜欢wine的方式，但是如果这一切都能极好的解决，同时能享受两种平台里有特色的东西，接受它远比拒绝它要好，因为一切都是为了生活更方便。

[biowee]

BioInfoServ2.0（基于xubuntu 7.10)正在紧张制作测试中，现释放几张图片:

[zhaoshuyong]

一直关注，非常支持：）

也许会被误会我是来灌水了，不过我觉得这是我对楼主的工作表达敬佩和支持的一种方式。
加油，天气多变，注意身体;0

[davi_all4one]

biowee
你的平台其实应该完全是english的就可以了，搞这方面的其实好像用中文的机会不多，至少在工作中。

[biowee]

当然可以完全是英文的，只要在gdm登录时选择语言为en就可以了。默认为中文，主要基于一种考虑，那就是让新手（初次接触本系统的生物学家和生物专业的学生）上手更快，同时也为了使之能胜任日常办公使用。

[windwiny]

强烈支持。。。。。。期待

[biowee]

BioInfoServ Live DVD 1.1光盘映像是基于Live CD 1.1(xubuntu 6.06/Hiweed desktop 1.01)制作的，因此跟原来的BioInfoServ Live CD 1.1的关系就是预置了j精选软件并进行了一定程度的系统加强，这主要是为新用户烤制而成的。不过，这个Live DVD映像采用了BioInfoServ Live CD 2.0的gdm登录界面，预示2.0将很快释放，如后面是相关图片：

生物软件

基因组注释浏览工具：appollo;
序列工（分析、处理、浏览工具）：arb，seaview, DDV oneD,blixem;
P2P分布式分析服务工具：chinook, magnus, BOINC Manager;
序列比对分析：blast，clustx，fasta;
分子图形工具：pymol，cn3D;
分子进化工具：phylip, NJplot
综合分析平台：jemboss， ncbi-tools，InterprScan， clc free workbentch， staden, sight;
数据库工具：NCBI TaxInpector

系统其他工具:

1.系统工具：

预置了防火墙firestar；
系统信息工具：hardinfo，gnome-system-monitor
磁盘工具QTparted，qparted（分区编辑），disks-admin（分区加载）,pysdm（存储设备管理器），JDiskReport(磁盘空间报告工具)；
软件包工具：synaptic(新立得），Kinstaller（源代码安装器）, debcreator(deb打包器）；
字体工具：fontforge（字体浏览器）；xfontsel（字体编辑器），dfontmgr（字体注册器）；
虚拟工具：vmwareplayer，virtualbox，winedoor，wine，crosoveroffice（专业版6.2).

2.设置工具：

系统启动设置工具：bootupmanager，sysv-rc-conf, Aservices-admin;
wine设置工具:winecfg
KDE应用程序外观设置器：QT3 configuration
Java应用程序控制台工具：j2re1.4，sun-java5
xfce4桌面设置系列工具：显卡，声卡，网卡，用户管理，用户界面设置等等；

3.网络应用程序：

网页浏览器：firefox 2.0/3.0 beta； Internet Exproler，lynx
下载工具：kget, gwget, gftp,fileZilla,Multiget，webdup, flashget1.5;
聊天工具：lumaqq，tencent qq, topioca Gtalk;
网路电视：miro
网路状态分析：ethereal, wireshark
远程主机登录器：rdesktop
电子邮件：sypheed

4.图片工具：

图片处理工具：gimp2.4
图片浏览工具：gqview， gthumb
抓图工具：Hypersnapshot, Ksnapshot
流程图绘制工具：xfig

5.视媒体工具：

播放器：beep，Mplayer， Amarok,foobar2000,Totem,Audacious
光盘刻录程序：k3b, Gnomebaker
录制工具：gnome-sound-recorder

6.办公工具：

字处理套件：eioffice 2007,Openoffice.org(2.3)
ppt播放器：pptview
阅读器：aobe reader，Chmsee
PDF编辑器：jarnal
密码管理器：revelation
文档出版：Scibus
文献管理：referencer，Bibus
笔记记录：NoteTaker
跨平台windows程序移植：CrossOverOffice（6.2)

7.文件系统工具：

文件搜索：Catfish， google Desktop，
文件系统管理：thunar
FTP站点文件列表工具：ftp list
文件命名工具：Bulk Rename
文件差异：meld

8.开发工具：

css编辑器：cssed editor
网页编写：nvu
xml编辑器：xml copy editor
颜色拾取器：gcolor

9.附件工具

光盘加载器：gmountISO
农历查看器
辞典:stardict
编辑器：NotePad＋＋
文档压缩：winrar，PeaZip
桌面标尺：gruler
行事记录安排：rainlendar

详情见：www.bioinfoserv.org

另外要说明的，在BioInfoServOS 2.0中，将会再预置一个emboss-exproler软件，其他的软件还在挑选中。

[biowee]

花费了几天时间，将BioInfoServOS的使用手册进行了大幅度更新,手册已经可以下载安装：

http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... 1_i386.deb

亦可马上查看：
http://www.bioinfoserv.org/BioLinux/upl ... oinfoserv/

内容列表如下:

一、系统说明

1.系统需求
2.技术支持
3.三维桌面安装启用
4.ADSL/PPPoE 拨号
5.无线网卡
6.网络联接配置
7.输入法切换
8.网络邻居
9.聊天工具
10.telnet "乱码"解决
11.时区选择
12.Windows 桌面登录
13.键盘快捷键设置
14.文本命令执行
15.系统管理员 Root 权限
16.软件的安装/删除软件
17.编译环境安装
18.运行环境配置（java, perl,libc6..)
19.软件包中的文件查询
20.源码的安装
21.打印机系统使用
22.办公系统使用
23.FireFox 网络浏览器
24.其他 Debian 软件仓库使用
25.PDF 文件阅读
26.虚拟机VMware 的安装
27.NVIDIA/ATI 驱动安装
28.更轻巧的桌面环境
29.xfce4 升级及其他3D桌面软件
30.硬盘引导安装
31.Windows 分区挂载
32.恢复Grub菜单
33.如何添加Grub 菜单项
34.故障排除

二、系统安装说明

1.Linux磁盘分区知识
2. Linux文件系统
3.系统安装手册

三、windows与BioInfoServO软件对应列表

1. 生物（信息）软件
2. 办公软件
3. 文献管理
4. 文档阅读
5. 文件管理
6. 语言词典
7. 图片工具
8. 媒体工具
9. 光盘工具
10. 网络工具
11. 下载工具
12. 开发工具
13. 磁盘工具
14. 三维桌面
15. 虚拟模拟
16. 运行环境
17. 系统管理
18. 压缩工具
19. 系统安全
20. 站点服务
21. 数据库
22. 行业软件

四、BioInfoServOS定制教程

1. 系统定制工具安装
2. Splash定制
splash.rle （光盘第一个画面背景）
Live CD menu splash
Grub splash
Usplash(系统启动进程画面）
login splash（系统登录加载画面）
3.Themes定制
GDM 登录界面定制
Icons 定制
桌面风格定制
4. 系统菜单定制
5. 系统字体定制
6. 系统软件定制
软件源定制
软件编辑打包
软件仓库制作
7. 系统语言、输入法定制
8. 其他综合定制
9. 软件汉化定制
10. 系统镜像定制备份
11. CD ISO光盘文件制作
Reconstructor使用教程
remastersys 使用教程
12. 测试、优化、发行

[biowee]

BioInfoServ Live CD 2.0正式发布，这个版本出了具备Xubuntu 7.10的一些优秀特性外，还具备了以下一些特点：

1、更轻快和更流畅的运行速度；
2、更小的光盘体积（光盘文件大小639M）；
3、全新的GDM登录界面
4、大幅度更新的使用手册（基于BioInfoServOS 1.1)
5、BioInfoServ 2.0软件仓库
6. 通过lmomt@163.com 等人的测试，现对BioInfoServOS2.0修正如下(2008.4.11)：
剔除系统登录后错误报告记录（apache2-mpm-worker apache2 binfmt-support sun-java5-bin sun-java6-bin sun-java-jre wine等安装失败），卸载了wine，增加了wireshark网络分析工具、gtk-pppoe、emboss-explorer和私有驱动envy管理工具,修订/usr/share/applications中菜单的中文名称。

马上下载

[akvact]

呵呵，好像很有用啊，要是早一年看到我就装一个，现在要毕业了！——预祝自己答辩顺利！！