新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

[biowee]

这次主要增加了一些教程，主要关于生物信息学和生物数据分析手册，其次就是linux命令、 apache、Mysql之类的手册。当然这些所带来的连锁反应就是安装配置好了apache2+mysql server 5+php5的网络服务系统.由于这个反应，于是一不作二不休，并将xoops 2.0.16内容管理系统进行了配置和安装，其模组的功能主要集中在文章管理（article0.99,word press 2.04)、在线书籍系统(tadbook2.0、media wiki1.71)、教师工具(teachtool)、在线教程(moodle，course review)、图片(xgcl).论坛（newbb 3.07)、生物工具（biotool, biodata)等。这样，会给您带来很多方便，您也可以在使用本系统的同时鼓捣个人网站建设（我用它来主要记录个人的教学资料、文献资料和资源收集）。

至此由于增加大量的教程和基于web服务的生物软件，硬盘定制大小增加至6G，这个结果还令人满意，因为如果是windows系统，要达到目前系统的软件和手册安装程度，空间大小肯定要超过8G。

经过ghost高度压缩，硬盘镜像不超过2.5G。

[huangjiahua]

赞， 够齐全的，

有空弄个 dvd 镜像吧

[biowee]

现在制作了一个带ghost的光盘采用ghost还原安装对我的机器配置。没有问题的，但对其他不同硬件条件下的CPU和接口的计算机是否也能正确识别？由于条件限制无法测试。

[biowee]

采用的是ghost 2003来进行镜像还原安装

[zmcbb30]

关注此帖很久了

看到这里得提醒一下biowee兄了，
不知道biowee兄的gho文件是如何做出来的，如果是先安装在自己的硬盘上，然后定制
最后做gho，这样做出来的镜像大多数是不能启动的(甚至不能进recover模式)，
有一些只有进recover模式做大量修改才能正常启动，过程相当麻烦，
当然，一些配置接近的机器是可以直接启动的

记得不知是论坛上还是别的地方有人讲过定制cd的方法

另外，我自己也想找一些专业的结构工程计算软件
上次也想你请教过，也找了一段时间
可惜是没找到，估计得是商业软件了
建筑房地产的利润所致啊！估计难有开源的了
羡慕中........
叹息中........

[zmcbb30]

找到了

在这里
http://linuxtoy.org/archives/ubuntu_live_cd_custom.html

[biowee]

启动的问题其实只是grub的问题，如果出现问题了，应该可以采用下边的方法进行（当然以下方法，只是我的设想，至于不同硬件下的还原安装，会涉及到CPU、接口等的识别问题，由于自己没有不同硬件配置的机器来实践，由于没有不同硬件配置的机器来实践，所以无从所知）：

方法可以利用hiweed-linux livecd对grub进行重新安装：

1. 用 hiweed-linux livecd 启动
2. 打开终端窗口，执行 sudo grub 进入 Grub 命令行
3. 确定 /boot 的位置，执行

find /boot/grub/stage1

会出现类似 (hd0,N)字样的结果，后面的命令里使用您机器上得到的结果， 这儿假定是 (hd0,2)
(这一步是为了确定您的 /boot 的位置，如果您知道在哪儿， 那么跳过这步)
4. root (hd0,2)

（注意要换成您机器上的实际位置,如果觉得无法确定,那么采用"添加Grub菜单项"所提及的方法.
5. setup (hd0)

6. quit

退出，完成了

添加Grub菜单项

编辑 /boot/grub/menu.lst

gksudo leafpad /boot/grub/menu.lst

比如要加一个 Windows 的 Grub 项，可以添加类似

title Windows
root (hd0,0)
chainloader +2
boot

对于这个windows启动项是否设置正确了，这个在启动的时候就知道了，如果设置错误，菜单会自动弹回到初始状态，这个时候，我们可以采用以下的方式进行修改：

采用上下键，选中windows菜单，然后按e，进入编辑状态，此时，您可以修改root(hd0, 0), 换一个数字，然后回车，回到启动菜单，再选中windows，按b，启动windows，如果能启动，说明修改正确，如果不行，那么按照上面的方式再修改， 直到启动正常为止。这时，我们就可以启动到Bioinfoserv Desktop 1.0系统下，将menu.lst修改保存。

至于其他硬件识别问题，需要在终端下执行sudo dpkg-reconfigure xserver-xorg重新进行配置。

[biowee]

以前的reconstrutor是有bug的，而最新的1.5好象使用起来还可以。不过，对于其工作目录，最好是ext2/ext3文件系统，其最好的方法是将您原来空的fat32文件系统磁盘格式化成ext3后加载成工作目录，这样的好处可以避免其中的bug在光盘定制过程中会损害您当前运行的系统。

不过，还有问题的就是usplash-dev无法在dapper 6.06中安装，这样就无法使用reconstrutor进行splash的生成和定制。查询了很多资料，也没能解决这个问题。

[biowee]

这两天，用reconstructor 2.5进行BioInfoServ Dektop 1.0 live DVD的制作尝试。虽然，reconstructor 2.5比2.3稳定了很多，但是用它制作出来的ISO到目前还没有完全成功。开始制作的两个DVD ISO在虚拟机里能正常启动到登录界面，但是却无法用事先设定好的用户和密码登录进入，登录界面闪现几下，然后又回到登录界面，不知道是什么原因。随后制作的两个ISO，启动都已经不正常了。看来还需要进一步制作测试再看。

reconstructor 2.5设计得还不错，不过它里面虚拟的终端不支持屏幕文字拷贝，而且在使用dselect是，汉字老有些不能显示完全（这点hiweed-linux同样也存在，看来是hiweed-linux desktop 1.0本身在这个支持上有问题）。

想起前几天制作的一张ghost还原安装光盘，今天作了一下还原测试，居然使用效果不错。文后附上reconstructor 2.5的使用图片，希望有类似想法的也好事先体验这个工具的情况。

[biowee]

经过昨天的光盘定制，终于能使制作的ISO光盘（大小3.1G，光盘中包含了bio-linux的软件包646M和一套已经配置有相当内容的xoops2.016，329M，以及其他软件和教程300M）启动成功，但还有问题，不知huanhua和其他有相关经验的朋友能否提供帮助？

1. hiweed-linux desktop 1.0光盘原来有分辨率的问题，像我的va721就不能采用其live cd启动到桌面登陆界面，需要进行系列操作后方能正常启动到桌面。由于目前定制的光盘以此为模板，因此我担心这个定制出来的ISO仍然具有这个问题（因为不想先刻录一张DVD盘来测试，这样如果有问题，就太浪费了），但又不知道如何来修改光盘中的这个配置文件（这个在硬盘安装下有/usr/X11/xorg.conf可修改，而光盘定制时如何来配置？）。

2. 定制live cd的引导画面，这个如何做？该怎么设置、操作？

3.live cd 登陆界面主题的定制又该如何做？

4.live cd桌面登陆时，启动桌面的那个splash如何设置？

5.live cd桌面的theme、icons和background又是如何设置才能有效？

一旦成功制作，将马上释放硬盘GHOST版本和live cd版本。

[zhaoshuyong]

如果能够制作成光盘的安装版本那就太好了。

辛苦工作阿

我是搞基础医学的，如果有这个就基本可以摆脱win了。

我以后的工作性质基本跟你相同，不过我也还在测试筛选更好的生物软件，而且很多需要配置、菜单定制。摆脱windows时，可能还不太现实，其实最主要的原因是office系统。如果要教学的话，自己使用openoffice来写的幻灯之类拿到多媒体教室播放可能就要出现格式上的问题（当然，只要解决了office，那么我们可以把windows丢开了）。

我也计划把这个定制系统作成安装光盘，当然如果你先使用我现在的定制系统，我可以开个地址把ghost文件给你。使用的时候，只要用恢复到硬盘分区上，然后做简单的配置有应该就可以使用了。

非常感谢biowee : )
无论如何，能在白忙中做到你这样都是很了不起的事情的。
新年到来，真心的祝愿你事业顺利，也祝福这个光盘能够早日出来。

[biowee]

先放几张前几天的测试图片，不过今天发现问题rexconstrutor不能保存制作的iso光盘文件，而采用命令sudo mkisofs -r -V "/home/bioinfoserv/reconstructor/hiweed-final.iso" -cache-inodes -J -l -b isolinux/isolinux.bin -c isolinux/boot.cat -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -o "/home/bioinfoserv/reconstructor/hiweed-final.iso"又说文件名太长，有谁知道这个命令究竟该如何使用吗？举例说明，并给相应的解释最好。

[Enigma_Jiang]

我是生物工程，这个专业根本找不到工作，我已经改行很多年，现在在干化工。
楼主运气好呀。

[biowee]

生物里面的专业很多，生物工程只是其中一个。这个专业就业本身要窄些，在加上国内每年毕业人多，而且很多企业在人才招聘上急功近利，所以造成就业难。实际上，现在的情况是企业招不到它想要的（其实是很片面的需求造成的，并非真的没有），而毕业生又不愿意轻易就那样委曲求全。我就是这样一个例子，耐着性子找工作，也将近半年的时间才把工作搞定。呵呵，我的专业是生物化学与分子生物学，即将的工作性子就是在大学里教书和搞点科研什么的。

[biowee]

1. hiweed-linux desktop 1.0光盘原来有分辨率的问题，像我的va721就不能采用其live cd启动到桌面登陆界面，需要进行系列操作后方能正常启动到桌面。由于目前定制的光盘以此为模板，因此我担心这个定制出来的ISO仍然具有这个问题（因为不想先刻录一张DVD盘来测试，这样如果有问题，就太浪费了），但又不知道如何来修改光盘中的这个配置文件（这个在硬盘安装下有 /usr/X11/xorg.conf可修改，而光盘定制时如何来配置？）。

2. 定制live cd的引导画面，这个如何做？该怎么设置、操作？

3.live cd 登陆界面主题的定制又该如何做？

4.live cd桌面登陆时，启动桌面的那个splash如何设置？

5.live cd桌面的theme、icons和background又是如何设置才能有效？

live DVD已经成功解决后面四个，但是第一个该如何解决？live DVD中该如何解决？BioInfoServ Desktop Live DVD已经成功进行了测试制作，live DVD光盘文件大小3.15G。

下面的图片是在vmware中的测试图片，但采用Live DVD启动所出现的“out of range"还没有解决，请高手帮忙提示说明如何修改才能让再次制作的live DVD解决这个问题？