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1 楼 
 文章标题 : trilinos安装心得
帖子发表于 : 2008-12-01 19:36 

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目的:在ubuntu(linux的某发行版本)上安装trilinos,并实现其并行运算功能。

步骤:
1下载、刻盘并安装ubuntu,进行常规配置。(ubuntu每年4月和10月都会对发行版本进行更新,如2008年10月更新的版本是8.10,2009年4月更新的版本为9.04。关于ubuntu的安装方法清参看“Ubuntu中文论坛”上的相关内容 http://forum.ubuntu.org.cn/

2 安装gcc和gfortran。这个是c++和fortran95的编译器,可以在ubuntu的面板上中选择“系统”->“系统管理”->“新立得软件包管理器”,在里面分别搜索gcc和gfortran,标记并安装。Linux下的编译器很多,在这里强烈推荐这两个编译器,因为在这个安装过程中使用这两个编译器可以避免很多麻烦。

3 下载和安装MPICH2。MPICH是实现并行运算的一个平台,这里使用的是现在常用的版本,其官方网址为 http://www.mcs.anl.gov ,国外网站。国内也可以搜索到相关的下载链接。2008年年底的稳定版本为mpich2-1.0.8。
将下载的安装包解压缩后,进入生成的文件夹中,依次输入以下三个命令
sudo ./configure --enable-f77
sudo make
sudo make install
就可以自动完成相关安装步骤。这里“--enable-f77”表示进行f77编译器的绑定,这个似乎是个默认设置,不加这句话也许问题也不大,但是建议加上。同样还可以类似的在“configure”后面加上“--enable-f90”“--enable-cxx”,这个可以在解压缩后的README(没有扩展名)中查到相关注释。
这样就已经完成了并行平台的安装,如果在首次使用“mpdboot”的时候出现错误,尝试输入以下命令行
cd $HOME
touch .mpd.conf
chmod 600 .mpd.conf
具体内容可以参考卢老师的网页 http://hi.baidu.com/motioo/blog/item/a2 ... 4b251f148c

4 安装blas和lapack。这是trilinos需要的程序包,可以有多种方法安装。简单的方法是在上文提到的“新立得软件包管理器”中搜索“liblapack”,然后把相应文件标记并安装即可。由于lapack是需要blas支持的,因此会自动安装blas。

5 下载和安装trilinos。Trilinos可以在其官方网站 http://trilinos.sandia.gov 上进行下载,目前的最新版本是trilinos-9.0.1。强烈建议下载网页上的说明文档,尤其是“Trilinos Users Guide”这个文档,里面详细解释了如何安装trilinos,对于不熟悉的用户,安装前首先阅读这篇文档可能是必要的步骤。
将trilinos解压缩后,进入生成的文件夹,然后开始安装。由于我需要使用trilinos中的软件包Epetra和AztecOO,所以我进行了以下命令行操作:

mkdir LINUX_MPI

cd LINUX_MPI

sudo ../configure --prefix=/usr/local --enable-mpi --with-mpi-compilers --disable-default-packages --enable-teuchos --enable-epetra --enable-aztecoo

sudo make -j 4 everything

sudo make install

上面是5行命令,而不是6行! :em02 这里对上面的参数进行解释。
“--prefix=/usr/local”是用来确定文件安装的目的地,安装生成的”include“和“lib”就会放在这个指定目录下。这里选择的是“/usr/local”,这个目录下系统可以自动访问。
“--enable-mpi”表示安装的软件包支持mpi的并行功能,如果只需要作串行运算,可以不加上这句话。不过即使是在拥有并行功能的情况下,依然可以编译串行的程序。
“--with-mpi-compilers”表示使用mpi的编译器进行编译。如果没有安装mpi,那么以上这两个参数是无法使用的。
“--disable-default-packages”这个表示取消默认安装方式,取消后需另外指定安装包。默认安装时会把大量的包安装上去,但这个并不值得,软件的制作者也不推荐。因为软件包很多,全部装上会很浪费时间,而且一旦出错也不好查错。因此只要安装立即需要的软件包,其他的软件包可以在需要的时候再装。
“--enable-teuchos”表示安装teuchos软件包。trilinos许多软件包是不会自动安装的,需要用户显式安装。
“make -j 4”表示用4个进程同时进行“make”,这个功能用于双核或多核处理器的提速,单核处理器则没有实际效果。进程个数没有上限,但过多可能反而会减慢速度。

6 补充提示。以上就是安装的全过程,在我的电脑上这样的过程是能够顺利的完成安装。安装中可能会出现其他的问题,有一些问题在“Trilinos User Guide”中已经提到,这里尝试翻译其中一些有用的内容以方便读者。

../configure命令使用时可能利用的参数:

--with-blas=<lib>
指定BLAS的程序库位置,如
--with-blas=/usr/path/lib/libblas.a

--with-lapack=<lib>
指定LAPACK的程序库位置,如
--with-lapack=”-L/usr/path/lib/ -llapack”

--disable-<package>
不安装指定的程序包.不过如果其他软件包的安装依赖此程序包,这个语句将失效。如
“--disable-komplex --disable-epetra --enable-ifpack”,komplex的安装被取消,但epetra的安装还是会进行,因为ifpack的安装需要epetra的支持。

../configure命令使用时可能利用的环境变量:
CC:C编译器
CFLAGS:C编译器属性标记
CXX:C++编译器
CXXFLAGS:C++编译器属性标记
LDFLAGS:制定链接标记
CPPFLAGS:C/C++预处理器标记
CXXCPP:C++预处理器
F77:Fortran 77编译器
FFLAGS:Fortran 77 编译器标记
用法举例:
CXX=/path/g++
CC=/path/gcc
F77=/path/gfortran
:em11


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2 楼 
 文章标题 : Re: trilinos安装心得
帖子发表于 : 2009-03-27 11:56 

注册: 2009-03-27 9:01
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好东西 找了半天
如果我只想用c++或c语言 是不是 ../configure--enable-cxx
还有 4 安装blas和lapack
5 下载和安装trilinos
这几个东西是干什么的 装mpich 必须的吗


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3 楼 
 文章标题 : Re: trilinos安装心得
帖子发表于 : 2009-10-08 0:28 

注册: 2009-06-13 12:52
帖子: 6
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yikesou 写道:
好东西 找了半天
如果我只想用c++或c语言 是不是 ../configure--enable-cxx
还有 4 安装blas和lapack
5 下载和安装trilinos
这几个东西是干什么的 装mpich 必须的吗


trilinos是一个稀疏矩阵迭代求解器 需要lapack和mpi
但是我mpich安装失败 好像要有rsh才行啊 还在困惑中


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