酷睿CPU，ubuntu的运算效率还不如cygwin，失望之至！

[homeboy]

笔记本IBM T60 T2400 双系统xp和ubuntu－686smp

xp下装有cygwin 1.5.21（最新版）无并行环境，ubuntu装有并行环境lam-mpi1.7.2

我是做生物模拟计算的，用的软件是gromacs（linux环境下的软件），本以为linux环境应该比cygwin环境快很多

（因为编译原码linux确实快至少5倍），但是测试结果让人无比失望


跑同一个gromacs程序，运算效率用时间来衡量，下面是测试结果：

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cygwin |不并行，任务管理器显示cpu使用50％（双核只用一个cpu100％）| 0.97小时

ubuntu |不并行，双核只用一个cpu100％| 1.68小时

ubuntu |np=2 并行，两个cpu都100％| 1.00小时
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ps：cygwin并行环境没测试，因为lam－mpi装不上

cygwin 50％cpu的运算效率能比上ubuntu 100％cpu的效率，而且一点也不差，请问这里面究竟是什么缘故

[我来也]

ubuntu同道尚需努力啊

[stlxv]

估计主要是gromacs没有充分利用多线程的原因，另外，生物模拟的东西，我估计C库的不同也会导致不同效率

编译源码快5倍，说明实际上还是快的，多核如果能充分利用多线程，速度会快很多的

你可以试一下两个都用icc对多核进行优化编译，然后再运行一下看看结果

[stlxv]

P.S. 里面是否为控制速度使用来故意的延时？

[homeboy]

谢谢这位兄弟，gromacs在linux并行效率还是挺高的，我平时都在上海超级计算机中心算，一样的gromacs和

lammpi版本，并行程序都是软件带的不需要我去操心，也不存在延时问题的

cygwin用的是gcc 3.4.4,lubuntu用的是gcc3.4.6,应该相差不大

icc没有用过，我去试试看吧，不过我不知道会不会逆转这种差别