酷睿CPU,ubuntu的运算效率还不如cygwin,失望之至!

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homeboy
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酷睿CPU,ubuntu的运算效率还不如cygwin,失望之至!

#1

帖子 homeboy » 2006-10-26 16:22

笔记本IBM T60 T2400 双系统xp和ubuntu-686smp

xp下装有cygwin 1.5.21(最新版)无并行环境,ubuntu装有并行环境lam-mpi1.7.2

我是做生物模拟计算的,用的软件是gromacs(linux环境下的软件),本以为linux环境应该比cygwin环境快很多

(因为编译原码linux确实快至少5倍),但是测试结果让人无比失望


跑同一个gromacs程序,运算效率用时间来衡量,下面是测试结果:

-------------------------------------------------
cygwin |不并行,任务管理器显示cpu使用50%(双核只用一个cpu100%)| 0.97小时

ubuntu |不并行,双核只用一个cpu100%| 1.68小时

ubuntu |np=2 并行,两个cpu都100%| 1.00小时
-------------------------------------------------

ps:cygwin并行环境没测试,因为lam-mpi装不上

cygwin 50%cpu的运算效率能比上ubuntu 100%cpu的效率,而且一点也不差,请问这里面究竟是什么缘故
我来也
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#2

帖子 我来也 » 2006-10-26 16:31

ubuntu同道尚需努力啊
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#3

帖子 stlxv » 2006-10-26 17:31

估计主要是gromacs没有充分利用多线程的原因,另外,生物模拟的东西,我估计C库的不同也会导致不同效率

编译源码快5倍,说明实际上还是快的,多核如果能充分利用多线程,速度会快很多的

你可以试一下两个都用icc对多核进行优化编译,然后再运行一下看看结果
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#4

帖子 stlxv » 2006-10-26 17:32

P.S. 里面是否为控制速度使用来故意的延时?
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#5

帖子 homeboy » 2006-10-26 17:53

谢谢这位兄弟,gromacs在linux并行效率还是挺高的,我平时都在上海超级计算机中心算,一样的gromacs和

lammpi版本,并行程序都是软件带的不需要我去操心,也不存在延时问题的

cygwin用的是gcc 3.4.4,lubuntu用的是gcc3.4.6,应该相差不大

icc没有用过,我去试试看吧,不过我不知道会不会逆转这种差别
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