求助软件安装的问题

[zzy0630]

最近开始学习 生物信息学 的几个软件 ，主要是bowtie2 tophat2
我先是mkdir RNA-seq，
然后把准备好的在bin文件夹拷贝到 RNA-seq内，（bin里面有要用的软件）
然后添加 PATH和添加 可执行属性：
export PATH=$HOME/RNA-seq/bin:$HOME/RNA-seq/bin/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64:$HOME/RNA-seq/bin/bowtie2-2.1.0:$HOME/RNA-seq/bin/cufflinks-2.1.1.Linux_x86_64:$PATH
chmod a+x $HOME/RNA-seq/bin/samtools $HOME/RNA-seq/bin/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64/* $HOME/RNA-seq/bin/bowtie2-2.1.0/* $HOME/RNA-seq/bin/cufflinks-2.1.1.Linux_x86_64/* $HOME/RNA-seq/bin/FastQC/* $HOME/RNA-seq/bin/IGV_2.2.11/*

有颜色标记的就是我主要需要使用的软件，绿色是成功的，红色的是未成功的
然后在终端里 输入tophat2 命令就没问题，就会输出很多内容，告诉我参数怎么设置等等
但是当我 输入 bowtie2 命令的时候 却有如下的显示：
zzy@legend:~$ bowtie2
/home/zzy/RNA-seq/bin/bowtie2-2.1.0/bowtie2-align: 1: /home/zzy/RNA-seq/bin/bowtie2-2.1.0/bowtie2-align: Syntax error: word unexpected (expecting ")")
Died at /home/zzy/RNA-seq/bin/bowtie2-2.1.0/bowtie2 line 75.

请教大家，这个问题应该怎么解决呢？
谢谢！