新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

[biowee]

BioInfoServ是一个基于Xubuntu LTS、Deepin Linux和Linux Mint构建和开发，以生命科学研究及生物信息分析为应用目的的生物信息平台系统。BioInfoServ具有良好的生物信息运行环境及用户分析界面，包含上百个生物信息应用软件， 能有效地完成生物数据处理、序列比对分析、结构功能预测、分子模拟与进化研究、文献管理及论文写作等科研分析工作，是生命科学家或生物学家良好的科研分析平台。

当前新版本为5.03，新版的硬件需求如下：

处理器（CPU）：>=2.0GHz
内存（Memory）：>=1000M
光驱：CD读取速度>=24X，DVD读取速度>=16X，缓存>=512K
硬盘：转速>=5200，空间大小>=10G。

BioInfoServ官方站点：http://www.bioinfoserv.org

系统特性
系统预览
系统手册
光盘下载
安装配置
硬件驱动
优化美化
生物信息

最新动向

BioInfoServ目前获得的成果主要应用于32位硬件平台，随着64位Xubuntu、Deepin Linux和Linux Mint的成熟，BioInfoServ 64位硬件系统将正式开启。

而BioInfoServ云计算基于64位的BioInfoServ进行。BioInfoServ Cloud是一个基于VirtalBox和Extendable Gmod Cloud虚拟服务器计划。届时，BioInfoServ云端将整合BioInfoServ 5.0的特性和GUI桌面操作环境(Xfce4)推出，Extendable Gmod Cloud(将会包含Chado数据库、GBrowse2、JBrowse、Tripal、Apollo/WebApollo、Galaxy、Canto、ISGA等)​也会以单独的安装包释放，方便大家使用，敬请期待！

*Gmod Cloud：一个以Amazon EC2和Amazon EBS为服务器，即Amazon's Cloud(目前在生物信息领域普遍采用的、付费性质的云计算解决方案，如Cloud Bio-Linux、VIPDAC)，并预安装和配置 Chado数据库、GBrowse2、JBrowse、Tripal和Apollo/WebApollo等Gmod的云计算组件，是基因组注释及可视化、数据挖掘、生物信息数据库建设及在线数据发布的综合性平台。

[huangjiahua]

用什么画如 维生素B12的立体图形呢


BTW: 海微兼容层 升级至 hiweedlayer-0.0.4

[biowee]

这个很简单，去国际分子结构数据库下载一个结构数据文件，然后采用三维查看软件来调整显示的方位和颜色，各个原子的显示模式。对于很多已知结构的物质，已经不需要自己许手工画，因为科学家已经将他的机构绘制出来，剩下的就只需要把它结构数据打开。三维空间查看的软件，有很多如xmakeMol.下图就是它的启动界面:
相应的分子3D数据库连接：http://www.umass.edu/microbio/rasmol/otherweb.htm

如果实在要画三位图，可以试试ghchem,不过它好像在nvidia-glx下无法运行。

[wyg1258]

支持一个～～
希望内核内用 21 的

[biowee]

这个内核可不是21的，是26的

[wyg1258]

我是指的 2.6.21

[biowee]

这套系统用的是Ubuntu（dapper Drake), kernel 2.6.15-27-386,是随ubuntu 6.06 LTS的内核变化而升级的,没有去折腾高版本的内核，随官方进行升级，不敢贸然行动，虽然系统已经进行过镜像备份。不过，如果觉得必要可以去试。

[zhaoshuyong]

如果能够制作成光盘的安装版本那就太好了。

辛苦工作阿

我是搞基础医学的，如果有这个就基本可以摆脱win了。

顺便说一句，最近熊猫烧香很火啊

[woainba15]

厉害，今天刚装了hiweed，真的是很不错啊，至少把我想要装的东西全都装上去了，挺爽的！！很符合那句话呢！

[biowee]

如果能够制作成光盘的安装版本那就太好了。

辛苦工作阿

我是搞基础医学的，如果有这个就基本可以摆脱win了。

我以后的工作性质基本跟你相同，不过我也还在测试筛选更好的生物软件，而且很多需要配置、菜单定制。摆脱windows时，可能还不太现实，其实最主要的原因是office系统。如果要教学的话，自己使用openoffice来写的幻灯之类拿到多媒体教室播放可能就要出现格式上的问题（当然，只要解决了office，那么我们可以把windows丢开了）。

我也计划把这个定制系统作成安装光盘，当然如果你先使用我现在的定制系统，我可以开个地址把ghost文件给你。使用的时候，只要用恢复到硬盘分区上，然后做简单的配置有应该就可以使用了。

[huangjiahua]

有劳 biowee 兄了

[aluya]

向奋斗在开源第一线的兄弟致敬！虽不能达到你们的水平，可一直崇拜你们的精神。希望能交个朋友。。

[biowee]

基于Hiweed-Linux FAQ使用手册基本完成，可到http://bioinfoserv.vicp.net/BioLinux/uploads/bioinfoservFAQ/index-zh_CN.html查看，准备着手DVD 光盘的制作了。

同时系统又更新了新的生物软件，如InterproScan(jips)，wEMBOSS,phpPhyloTree, Sequence Manipulation Suite等网络生物应用程序和一些生物教程，如Beginning Perl for Bioinformatics， PROTOCOLS FOR RECOMBINANT DNA ISOLATION, CLONING, and SEQUENCING，基因和蛋白质分析的实用指南和自行编写的“生物信息环境构建”幻灯等。

[zmcbb30]

请问一下lz那么多专业软件在哪里找的？
免费吗？有无其他学科？如工程力学，结构计算之类

[biowee]

寻找到的专业软件当然多是免费的，至少也是自由软件。方法很简单，采用googel来搜索，比如我的生物软件就使用biolinux+debian+ubuntu，或者biology+debian+Ubuntu,你会搜索到很多相关的网页，这些网页都有很多软件介绍，然后找到这些软件名称，再回到Ubuntu中的软件仓库中寻找。而且还有很多网站直接介绍Ubuntu下的行业软件。当然，你还可以直接在synaptic中分类中来寻找（前提是你在其中添加相应的sources，这些源需要自己寻找收集），同时键入关键性的行业词也是可以搜索的，如Engineer／Engineering， Physics。对于您贴出来的SAP200，我想在Ubuntu中有替代软件，可以去寻找。此外，在Edubuntu中，也有很多资源，您可以采用education在synaptic中搜索，通过它，你可以了解很多行业方面的软件。

还有像http://linuxappfinder.com/这样的站点，也是很值得去关注的，可以让你快速寻找资源.http://linuxappfinder.com/scientificand ... 和科学方面的软件介绍。