如何在ubuntu中安装VMD？

jacksonguo · #1

我要安装VMD（visual Molecular Dynamics)软件，安装程序如下：
root@gyh-desktop:/home/gyh# cd Desktop/
root@gyh-desktop:/home/gyh/Desktop# ls
vmd-1.8.5 vmd-1.8.5.bin.LINUX.opengl.tar.gz
root@gyh-desktop:/home/gyh/Desktop# cd vmd-1.8.5
root@gyh-desktop:/home/gyh/Desktop/vmd-1.8.5# ls
Announcement configure.options doc LINUX proteins scripts
bin data lib msvc python shaders
configure distrib LICENSE plugins README src
root@gyh-desktop:/home/gyh/Desktop/vmd-1.8.5# sudo apt-get install build-essential csh
正在读取软件包列表... 完成
正在分析软件包的依赖关系树
Reading state information... 完成
build-essential 已经是最新的版本了。
csh 已经是最新的版本了。
共升级了 0 个软件包，新安装了 0 个软件包，要卸载 0 个软件包，有 0 个软件未被升级。
root@gyh-desktop:/home/gyh/Desktop/vmd-1.8.5# ./configure
using configure.options: LINUX OPENGL FLTK TK ACTC IMD SPACEBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT
下边该如何安装？为何.／configure以后出现using configure.options: LINUX OPENGL FLTK TK ACTC IMD SPACEBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT，下一步该怎马办？
谢谢了

roylez · #2

难得在这里遇到一个同行……

vmd我没有在linux下用过，主要是安装麻烦。在windows下试过，感觉奇奇怪怪的，也放弃了。现在我主要用的molecular modeling软件是pymol，用python写的，稍微有些慢（我的原子数目在3万左右，是金属，如果你主要用来画protein，也许会快很多），但是安装极为方便，解压缩就行。pymol最大的好处就是制作动画方便，直接打开multi-model pdb就可以看了，选择好合适的视角，就可以很快导出图片。

如果你和我一样是做金属的，或者是做硅之类的原子晶体，比较快的modeling软件还有Ohio州立大学Li Ju写的atomeye。因为是用c写的而且算法上面做了调整（Li Ju的数学功底实在是太好了，atomeye的manual里面大部分的公式我都看不懂），速度飞快，但是缺点就是要记一些快捷键。

说了半天，好像还是没帮上你的忙

jacksonguo · #3

感谢你的回帖，不过我想知道的是如何安装VMD（ubuntu),以后可以在分子动力学方面和你交流一下。
再次感谢你的kind

roylez · #4

如果我没猜错，doc 是个目录，在里面看看没有安装帮助。

configure.options是编译时候选择的参数。我觉得你上面那些参数应该是可以的，但是不知道你安装了numpy没有。我用的是dapper，没有numpy，只有numarray和Numeric；如果你用的是edgy或者更新的版本，可以用apt-get安装numpy。

sunny1984218 · #5

我现在也要安装VMD，也遇到了和你同样的问题，请给点安装信息好吗？谢谢！

wikaiqi · #6

我最近安装成功了，您可以试试：
1. Download the VMD for linux code form http://www.ks.uiuc.edu/Development/Down ... wnload.cgi
2. Extracting the VMD source. This will produce a subdirectory named vmd-1.8.6. Thus, cd there.
3. ./configure LINUX.
4. cd src.
5. sudo make Install
6. But before using the VMD, Please do this : sudo apt-get install csh.

sunny1984218 写了：我现在也要安装VMD，也遇到了和你同样的问题，请给点安装信息好吗？谢谢！

packsackao · #7

补充:视个人环境安装情况也许运行前还要 sudo apt-get install libstdc++5

wikaiqi 写了：我最近安装成功了，您可以试试：
1. Download the VMD for linux code form http://www.ks.uiuc.edu/Development/Down ... wnload.cgi
2. Extracting the VMD source. This will produce a subdirectory named vmd-1.8.6. Thus, cd there.
3. ./configure LINUX.
4. cd src.
5. sudo make Install
6. But before using the VMD, Please do this : sudo apt-get install csh.

sunny1984218 写了：我现在也要安装VMD，也遇到了和你同样的问题，请给点安装信息好吗？谢谢！

如何在ubuntu中安装VMD？

如何在ubuntu中安装VMD？

感谢

求助VMD 安装说明

Re: 求助VMD 安装说明

Re: 求助VMD 安装说明