如何解决compat-libstdc在ubuntu 6.06上的问题？

[biowee]

最近因为需要，进行了InsightII 2005的测试安装，结果表明InsightII 2005是成功安装，但无法运行起来。

InsightII 2005需要openGL、openmotif和compat-libstdc支持，openmotif可以解决，但是compat-libstdc在ubuntu6.06中没有相应的软件包，而且采用rpm的compat-libstdc来安装，似乎又涉及到底层C++的问题，从而牵涉到很多系统组件的问题。

有谁有这方面的经验？请共享一下。

[huangjiahua]

先装上 libstdc++5 ，
再 alien 装 rpm 的 compat-libstdc 看看

[biowee]

libstdc++5和libstdc++6都已经安装上了，且已经安装上compat-libstdc++_7.3-3.96_i386.deb（来自redhat的rpm包），而来自openmotif21-2.1.30-8.i386.rpm的无法在系统中安装，安装时出现以下的问题：

无法访问打包文件: No such file or directory
(正在读取数据库 ... 系统当前总共安装有 173281 个文件和目录。)
正在解压缩 compat-libstdc++-33 (从 compat-libstdc++-33_3.2.3-48_i386.deb) ...
dpkg：处理 compat-libstdc++-33_3.2.3-48_i386.deb (--install)时出错：
正试图覆盖“/usr/lib/libstdc++.so.5.0.7”，它属于软件包 libstdc++5

出现这个问题，想到可以将libstdc++5卸载后，再安装它，但是这个连锁反应会将以下软件干得一干二净：
acroread 将被删除
firefox2 将被删除
libfltk1.1c102 将被删除
libstdc++5 将被删除
prozgui 将被删除
rar 将被删除
reciteword 将被删除
vmware-player 将被删除
w32codecs 将被删除
xdict 将被删除

忍痛又将这些删除，然后安装openmotif21，但依然不能运行insightII 2005。于是，再回头去看insight II的使用需求说明（http://www.chem.tamu.edu/LMS/insightII.html）如下：

默认系统需求为：
Red Hat Enterprise Linux (RHEL) WS 2.1, WS 3.0 and WS 4.0 (see Patch) on Intel x-86 and EM64T processors (32-bit OS only)，IBM Intellistation Z-Pro 6223-28U & 6223-29

显卡需求为：

带Nvidia驱动的Nvidia: Quadro4 980 XGL, FX1100, FX1300/1400, FX3000, FX3400
NMR Refine DGII, NMR Refine Advanced,

也支持运行LINUX WS3.0的，带合适驱动的FireGL2 T2图形卡：IBM， T42p， Thinkpads

软件上需求：
compat-libstdc++-7.3-2.96.128.i386.rpm，openmotif21-2.1.30-8.i386.rpm

难道是我显卡的问题？还是系统上本身就不支持，必须采用redhat?

[huangjiahua]

关于那安装警告， 只是文件冲突
可以先用 alien -g 来解压，再拷贝到 / 下。


另外， ubuntu 本身有一些 openmotif 的包
motifnls - Files needed to run some Motif applications.
libmotif-dev - Open Motif - development files
libmotif3 - Open Motif - shared libraries
motif-clients - Open Motif - X11 clients (mwm, xmbind)



再，运行 insightII 2005 可有出错提示 ？

[biowee]

我现在的做法是将libstdc++5卸载，然后安装compat-libstdc++_7.3-3.96_i386.deb（来自redhat的RPM)和openmotif21-2.1.30-8.i386.deb（来自redhat的RPM)，安装顺利，然后再安装libstdc++5，在恢复安装先前被卸载的那些软件包，这个过程不过有什么错误提示。

另外也将你所提及到的motifnls、libmotif-dev、libmotif3、motif-clients 一并安装，再运行insightII时，依然不能正常启动insightII，而且没有任何错误提示。

下面是执行的insight的过程：

biowee@BioInfoServOS:~$ cd /usr/accelrys #进入安装后的目录
biowee@BioInfoServOS:/usr/accelrys$ ls #安装后的文件目录
2005 biosym_setcon cshrc cshrc~ License_Pack
biowee@BioInfoServOS:/usr/accelrys$ csh #启动csh执行终端
BioInfoServOS:/usr/accelrys> source /usr/accelrys/cshrc #运行环境设置
BioInfoServOS:/usr/accelrys> source /usr/accelrys/License_Pack/msi_lic_cshrc #运行环境设置
BioInfoServOS:/usr/accelrys> /usr/accelrys/2005/Linux_2_Intel_32/biosym_exe/splash #检查依赖性文件，执行的结果是没有报错，也没有说是成功。
BioInfoServOS:/usr/accelrys> /usr/accelrys/2005/Linux_2_Intel_32/biosym_exe/insightII #检查依赖性文件，执行的结果是没有报错，也没有说是成功。
BioInfoServOS:/usr/accelrys> insightII #启动insightII
BioInfoServOS:/usr/accelrys> /usr/accelrys/2005/bin/insight/insightII #以全路径来启动II
Loading Insight II using OpenGL graphics ...
BioInfoServOS:/usr/accelrys>

可见，似乎所依赖性都已经满足，启动insight时，其试图加载OpenGL graphics 这个API，但结果没有任何错误提示信息，也没有能正常启动insightII.

后来，采用ubuntu 6.10在台式机上进行了安装测试，在这个平台上（compat-libstdc++_7.3-3.96_i386.deb和openmotif21-2.1.30-8.i386.deb已经安装），启动insightII时会提示缺少libc.so.6和libcryt.so。

看来问题还真不少。再继续努力试试，如果有好的建议，请继续提示下。

[huangjiahua]

biowee ， 能跑起来的平台尝试了什么 ？

[biowee]

ubuntu 6.06， ubuntu 6.10，xubuntu 7.04.

目前有错误提示的有ubuntu 6.10和7.04：缺少libc.so.6和libcryt.so

而采用Hiweed-Linux 1.01 （xubuntu 6.06）似乎没什么错误提示，但启动不成功。

目前，还没有尝试其他平台，准备试试redflag/redhat试试，有人在它上面测试成功。

缺少libc.so.6和libcryt.so这个问题如何解决？查询了下，不知道应该安装哪个套件才能解决它。

[biowee]

诚然，insightII在redflag 4.0中测试成功。

为何在ubuntu中无法测试成功？

[huangjiahua]

这个 libc.so.6 就相当奇怪了……
有哪个桌面 linux 会没有 libc6 呢

[biowee]

努力再试中。

[biowee]

现在发现compat-libstdc和openmotif是insightII2005配置前端GUI必须到组件，缺少这两个组件那么配置前端就无法启动，而且会给出错误提示说缺少它们，那么剩下到问题似乎要hiweed-linux中openGL的问题了，OpenGL这个东东底层包含那些必须到库文件和相应的文件？

下面是找到到几个相关到OpenGL:

freeglut3──OpenGL Utility Toolkit
freeglut3-dev──OpenGL Utility Toolkit development files
libgl-dev──A free implementation of the OpenGL API -- GLX development support files
libglu-dev──Mesa OpenGL utility library development files

很郁闷，libgl-dev和libglu-dev在软件仓库中似乎已经损坏，无法安装。

[xiechy]

会不会是libstdc++2.10-glibc2.2这类的包？就是用旧的库编译 std~
最近打smac，用gentoo的loki-compat库，PRELOAD之后就可以用了。红旗本来最开始就是学redhat的，很多库可能本来就相同。

compat-libstdc++-7.3-2.96.128.i386.rpm

看那个rpm包的名字，是不是指redhat 7.3，用gcc2.96（redhat臭名昭著的补丁版gcc，不被官方gcc承认的版本）编译的libstdc++,用的libc5的soname的版本。如果真的是gcc2.96的话，可能只能把这些库自己打包，非redhat的发行版应该都不会有兼容的，然后设定LD_LIBRARY_PATH或者LD_PRELOAD，然后希望你的insight是动态编译的版本~~
估计要花些时间，不过只要有动态连接的可执行，就不会有问题。

[xiechy]

ldd看看是不是动态连接，如果是，那么继续，吧rpm中的库解出来，然后preload几个库，反复尝试吧。

[huangjiahua]

RH7.3 的 gcc2.96 ……

[biowee]

现在在pcLinuxOSx出现以下问题, 如何解决?

font "-*-helvetica-bold-r-normal-*-17-*-*-*-*-*-*-*" doesn't exist
while executing
"message .diagmenuwindow.frame0.msgframe.msg -text "$msg" -aspect 600 -font $fonts(bold_big)"
("eval" body line 1)
invoked from within
"eval message $w.frame0.msgframe.msg -text {"$msg"} -aspect 600 -font {$fonts(bold_big)}"
(procedure "diag_message" line 8)
invoked from within
"diag_message .diagmenuwindow $msg"
invoked from within
"set Diag_msg [diag_message .diagmenuwindow $msg]..."
(procedure "Diag_Menu_Window" line 9)
invoked from within
"Diag_Menu_Window VAL $diag_msg"
invoked from within
".frame0.menu_frame.option_frame4.label_frame.label invoke"
("uplevel" body line 1)
invoked from within
"uplevel #0 [list $w invoke]"
invoked from within
"if {($w == $tkPriv(window))
&& ([$w cget -state] != "disabled")} {
uplevel #0 [list $w invoke]
}"
invoked from within
"if {$w == $tkPriv(buttonWindow)} {
set tkPriv(buttonWindow) ""
$w config -relief $tkPriv(relief)
if {($w == $tkPriv(window))
&& ([$w cget -state] ..."
(procedure "tkButtonUp" line 3)
invoked from within
"tkButtonUp .frame0.menu_frame.option_frame4.label_frame.label"
(command bound to event)

[/quote]