请问shell中简单的pbs怎么书写?

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King1991
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请问shell中简单的pbs怎么书写?

#1

帖子 King1991 » 2020-09-16 21:18

已经写好了程序运行的shell脚本,但是现在需要放在学校服务器上,怎么添加pbs呢?是在shell脚本的开始设置#pbs ...之类的吗?只需要简单的指令,能把任务发送到服务器就可以
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Re: 请问shell中简单的pbs怎么书写?

#2

帖子 astolia » 2020-09-17 9:19

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Re: 请问shell中简单的pbs怎么书写?

#3

帖子 King1991 » 2020-09-18 12:31

对,就是这个作业管理系统。我之前在自己的linux上已经写好了可执行的文件,然后用shell脚本运行也没有错误。现在需要放在学校的服务器上。然后我写的pbs是这样的
#!/bin/bash
#PBS -N wang_test
#PBS -l nodes=31:ppn=1
#PBS -o /home/wang/kuramoto_finite/rand/rand.out
#PBS -e /home/wang/kuramoto_finite/rand/rand.err
#PBS -r y
cd /export/panfs02/home/wang/kuramoto_finite/rand
nohup ./run.sh &

请问这样是不是就可以了,我按照这个提交后,任务正在排队。


还有一个问题就是#PBS -l nodes=31:ppn=1的分配有什么讲究吗?我申请的配置是40cpu 10核/cpu。
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Re: 请问shell中简单的pbs怎么书写?

#4

帖子 astolia » 2020-09-18 19:27

服务器上的路径不是/home/wang/kuramoto_finite/rand/rand.*这个吧。nodes和ppn这个要看你任务的并发执行需求
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Re: 请问shell中简单的pbs怎么书写?

#5

帖子 King1991 » 2020-09-18 23:42

服务器上的路径没有问题就是这个。我不太明白这个节点数和核数的需求是怎么选择的。比如我的shell一次并行30个单核计算,是不是就是nodes=30:ppn=1?
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Re: 请问shell中简单的pbs怎么书写?

#6

帖子 astolia » 2020-09-22 18:09

你需要考虑对方总共提供了多少个node,每个node有多少cpu核心,node的总体利用率如何。
比如你写nodes=30,就要求至少要有30个node都不能被占满,否则只能等别人的任务算完,把node空出来才轮到你
ppn小于node的核心数,意味着你要和别人共享一个node,也就是可能会被别人的任务拖慢。
如果不同node间的硬件配置不同,不同的ppn值可能会影响到分配node时的偏好,导致一些执行效率上的差异。

如果你不想管那么多,那就不用nodes和ppn,用procs。让系统自动给你分配足够的核心数,不管在多少个node上
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