新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算
-
jieying
- 帖子： 371
- 注册时间： 2005-11-03 17:52
-
andey21
- 帖子： 16
- 注册时间： 2007-07-09 16:23
-
biowee
- 帖子： 287
- 注册时间： 2006-07-31 22:55
- 联系：
BioInfoServOS生物软件包出世
BioInfoServOS生物软件包目前放置在
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
更多的生物软件将逐一deb打包并更新上传，请大家留意。一旦该生物软件仓库具备一定规模，将给出apt安装资源。
文献管理使用JabRef试试，质粒图、序列分析、基因查找使用emboss，这两个已经打包上传。
值得注意的是，基于java的生物软件，默认采用sun-java5-bin（1.5.0.06）来支持，如果您是直接安装使用的是BioInfoServOS1.01，那么这个环境已经配置好，否则，需要确认安装sun-java5-bin和sun-java5-fonts。
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
更多的生物软件将逐一deb打包并更新上传，请大家留意。一旦该生物软件仓库具备一定规模，将给出apt安装资源。
文献管理使用JabRef试试，质粒图、序列分析、基因查找使用emboss，这两个已经打包上传。
值得注意的是，基于java的生物软件，默认采用sun-java5-bin（1.5.0.06）来支持，如果您是直接安装使用的是BioInfoServOS1.01，那么这个环境已经配置好，否则，需要确认安装sun-java5-bin和sun-java5-fonts。
上次由 biowee 在 2007-07-13 11:57，总共编辑 1 次。
-
andey21
- 帖子： 16
- 注册时间： 2007-07-09 16:23
Re: BioInfoServOS生物软件包出世
代表从事生物研究的同事们感谢你！biowee 写了：BioInfoServOS生物软件包目前放置在
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
更多的生物软件将逐一deb打包并更新上传，请大家留意。一旦该生物软件仓库具备一定规模，将给出apt安装资源。
文献管理使用JabRef试试，质粒图、序列分析、基因查找使用emboss，这两个已经打包上传。
尽管我代表不了，呵呵呵！
-
andey21
- 帖子： 16
- 注册时间： 2007-07-09 16:23
Re: BioInfoServOS生物软件包出世
速度有点慢，不知别人怎么样？biowee 写了：BioInfoServOS生物软件包目前放置在
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
更多的生物软件将逐一deb打包并更新上传，请大家留意。一旦该生物软件仓库具备一定规模，将给出apt安装资源。
文献管理使用JabRef试试，质粒图、序列分析、基因查找使用emboss，这两个已经打包上传。
值得注意的是，基于java的生物软件，默认采用sun-java5-bin（1.5.0.06）来支持，如果您是直接安装使用的是BioInfoServOS1.01，那么这个环境已经配置好，否则，需要确认安装sun-java5-bin和sun-java5-fonts。
-
biowee
- 帖子： 287
- 注册时间： 2006-07-31 22:55
- 联系：
目前已经释放的BioInfoServ系统deb已经达到30个，其中生物软件20个（版本可以适用于debian3.0/Ubuntu6.06以上的系统)，其他相关于系统和网络的软件10个（适合ubuntu 6.06)。
具体见http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
具体见http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
-
biowee
- 帖子： 287
- 注册时间： 2006-07-31 22:55
- 联系：
一些生物软件包说明：
2007-7-18更新：目前已经采用bioinfoserv-base-directories_1.0-20_i386.deb来替代bioinfoserv-desktopmenu_1.0.1.1_i386.deb所具有的功能。同时修正各个软件在synaptic中的类别显示，统一采用BioInfoServ类别。
1. bioinfoserv-desktopmenu_1.0.1.1_i386.deb
这是针对BioInfoServOS的系统菜单修订文件，安装它可以将您的系统程序菜单添加生物软件方面的类别，同时，为了让系统程序菜单在显示上又条理，还对其中的一些涉及到的其他软件类别进行归类和编修。总之，是为了美化的作用。这个包适合于xfce4桌面。
2.bioinfoserv-themes_2007-13-07_1.3_i386.deb
这个文件针对系统的图标、风格，以及启动动画，登录界面进行美化。适合于GNOME/xfce4/KDE桌面，不过由于制作上的不全面性，仅仅对xfce4桌面支持要全面些。
3.bioinfoserv-base-directories_1.0-20_i386.deb
这是本系统生物信息软件的基本目录设定与配置文件，它默认将随后安装的生物软件全部安装到/usr/local/bioinf下，以利于管理和查看。而且它也是安装其他一些生物软件所依赖性的软件包。
4.bioinfoserv-emboss_3.0.0-5_i386.deb
这是一个综合性开放源代码的生物信息分析软件包，可以进行核酸、蛋白质序列的各种分析，而且其接口开放，任何人都可以基于它进行开发，打破了向商业软件发展的模式。极力推荐使用这个软件包。
5.bioinfoserv-ape_1.2-3-2_i386.deb
这是系统发育学和进化研究工具包，基于R语言编写。
APE (Analyses of Phylogenetics and Evolution) is a package written in R. APE aims to be both a computing tool to analyse phylogenetic and evolutionary data, and an environment to develop and implement new analytical methods.
6.bioinfoserv-proteindesktop_1.0_i386.deb
这是一个开源的基因设计软件，可以高表达可能设计重组DNA分子.
IBG GeneDesigner is an open-source product available for free download. It is still in development, but it can be used to design a nucleotide sequence for a particular protein (amino acid sequence) such that it will be optimized for the highest possible expression when used as a recombinant DNA fragment in a particular organism.
http://gridweb.cti.depaul.edu/twiki/bin ... BG/IBGSoft
7.MassSorter
这个软件包可以管理和分析蛋白质质谱仪实验数据。
administrating and analyzing data on proteins mass spectrometry experiments
8.bioinfoserv-taxinspector_2007.07.14.1.0.3b.deb
NCBI数据库分类浏览器。
TaxInspector is a NCBI Taxonomy browser。
9.bioinfoserv-sa_2007.07.14_1.6.0_i386.deb
这个软件可以进行ORF寻找，引物设计，酶切图谱分析以及序列操作等工作。
The purpose of Sequence Analysis is to find out orf, design primer,enzymes digest,sequence manapunation etc.
10.bioinfoserv-melecularbentch_2007-07-14_1.3_i386.deb
这是一个JAVA web传输的多语言、多编码的分子平台系统，可以进行化学动力学，点子结构图谱，分子三维构建分析等，支持8中文件格式，如PDB，CML，xyz，PNG，JPG，GIF，TXT，MWS等的打开，其运行需要事先在home/$username/Application Data/Molecular Workbench/cache有相应的文件目录缓冲。
11.bioinfoserv-arb_2007.7.11_i386.deb
这个软件的目的是处理各种序列数据库(导入、导出、格式化等）和数据分析，在数据库处理上，功能强大。
The ARB software is a graphically oriented package comprising various tools for sequence database handling and data analysis.
12.bioinfoserv-act_5.0-1_i386.deb
这是sanger中心开发的DNA基于Artemis的序列比较分析查看软件。
ACT (Artemis Comparison Tool) is a DNA sequence comparison viewer based on Artemis．
13.bioinfoserv-artemis_8.0-1_i386.deb
这是一个基因组浏览和注释可视化工具，界面与上面的act几乎一样，只是主要功能不同。
Artemis is a free genome viewer and annotation tool that allows visualization of sequence features and the results of analyses within the context of the sequence, and its six-frame translation. Please see the file readme.bioinfoserv for suggestions about files to edit when running Artemis on BioInfoServ machines.
14.bioinfoserv-sight_2007.07.14_3.1.8_i386．deb
这是一个自动化基因组数据挖掘工具，目标是让使用者无需编程，也能完成复杂的数据挖掘工作。
automating genomic data-mining without programming skills.
15.bioinfoserv-agro_1.0.18_i386.deb
这是一个基于java的基因组浏览器，可以进行全基因组的手工注释和可视化处理。
The Argo Genome Browser is the Broad Institute's production tool for visualizing and manually annotating whole genomes.
16.bioinfoserv-interproscan_2007-07-14_1.01_i386.deb
这是一个很著名的蛋白质功能注释分析的软件包，它是由EBI 开发，集成蛋白质结构域和功能位点的数据库（如SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom 等数据库提供的蛋白质序列中的各种，如结构域，motif等信息），是一个较为全面的蛋白质功能结构分析工具。这个deb包包含了基于本地命令行的软件，也提供可基于网络的jips图形界面。可参考的文献为http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/462，软件主页在http://www.virology.ca/。这个软件还可以基于本地网络进行应用，Java GUI for InterProScan Local client(JIPS)就是基于本地web服务器，这个方式可以让那些具有强大局域网服务器的研究单位建立分析应用。当然，它的前提是，你必须建立web服务器，并配置好相应的服务器端。这个可以查看/usr/local/jips/client or server中的文件就可以知道了。如果要配置相应的web服务地址，那么打开/usr/local/bioinf/jips/client/jips.jnlp和/usr/local/bioinf/jips/server/servers/jips/jips_server.properties这两个文件进行修改配置。
17.bioinfoserv-chinook_2007.07.14_1.02_i386.deb
这是一个基于p2p技术的生物信息节点计算平台，利用这个技术，可以把登录这个软件的所有计算机空闲能力集中起来进行生物学计算，这个思路应该说相当优秀。
chinook is a peer-to-peer (P2P) bioinformatics platform.参考站点：http://smweb.bcgsc.bc.ca/chinook/index.html
18.bioinfoserv-apollo_2006-2.27-1.6.5_i386
这是一个开放性果蝇基因组计划的产物，主要是可以图形化浏览果蝇基因组注释结果。
Apollo is a collaborative open source project between the Berkeley Drosophila Genome Project, the Sanger Institute and the EBI.
18.bioinfoserv-jexproler_2007.07.14_2.7_i386
J-Express Pro是一个芯片分析软件，界面友好，目前这已经商业化。
J-Express Pro is a comprehensive portable software package for analysis and visualization of microarray data.
http://www.molmine.com/jexpress/
具体情况见：http://www.bioinfoserv.org
2007-7-18更新：目前已经采用bioinfoserv-base-directories_1.0-20_i386.deb来替代bioinfoserv-desktopmenu_1.0.1.1_i386.deb所具有的功能。同时修正各个软件在synaptic中的类别显示，统一采用BioInfoServ类别。
1. bioinfoserv-desktopmenu_1.0.1.1_i386.deb
这是针对BioInfoServOS的系统菜单修订文件，安装它可以将您的系统程序菜单添加生物软件方面的类别，同时，为了让系统程序菜单在显示上又条理，还对其中的一些涉及到的其他软件类别进行归类和编修。总之，是为了美化的作用。这个包适合于xfce4桌面。
2.bioinfoserv-themes_2007-13-07_1.3_i386.deb
这个文件针对系统的图标、风格，以及启动动画，登录界面进行美化。适合于GNOME/xfce4/KDE桌面，不过由于制作上的不全面性，仅仅对xfce4桌面支持要全面些。
3.bioinfoserv-base-directories_1.0-20_i386.deb
这是本系统生物信息软件的基本目录设定与配置文件，它默认将随后安装的生物软件全部安装到/usr/local/bioinf下，以利于管理和查看。而且它也是安装其他一些生物软件所依赖性的软件包。
4.bioinfoserv-emboss_3.0.0-5_i386.deb
这是一个综合性开放源代码的生物信息分析软件包，可以进行核酸、蛋白质序列的各种分析，而且其接口开放，任何人都可以基于它进行开发，打破了向商业软件发展的模式。极力推荐使用这个软件包。
5.bioinfoserv-ape_1.2-3-2_i386.deb
这是系统发育学和进化研究工具包，基于R语言编写。
APE (Analyses of Phylogenetics and Evolution) is a package written in R. APE aims to be both a computing tool to analyse phylogenetic and evolutionary data, and an environment to develop and implement new analytical methods.
6.bioinfoserv-proteindesktop_1.0_i386.deb
这是一个开源的基因设计软件，可以高表达可能设计重组DNA分子.
IBG GeneDesigner is an open-source product available for free download. It is still in development, but it can be used to design a nucleotide sequence for a particular protein (amino acid sequence) such that it will be optimized for the highest possible expression when used as a recombinant DNA fragment in a particular organism.
http://gridweb.cti.depaul.edu/twiki/bin ... BG/IBGSoft
7.MassSorter
这个软件包可以管理和分析蛋白质质谱仪实验数据。
administrating and analyzing data on proteins mass spectrometry experiments
8.bioinfoserv-taxinspector_2007.07.14.1.0.3b.deb
NCBI数据库分类浏览器。
TaxInspector is a NCBI Taxonomy browser。
9.bioinfoserv-sa_2007.07.14_1.6.0_i386.deb
这个软件可以进行ORF寻找，引物设计，酶切图谱分析以及序列操作等工作。
The purpose of Sequence Analysis is to find out orf, design primer,enzymes digest,sequence manapunation etc.
10.bioinfoserv-melecularbentch_2007-07-14_1.3_i386.deb
这是一个JAVA web传输的多语言、多编码的分子平台系统，可以进行化学动力学，点子结构图谱，分子三维构建分析等，支持8中文件格式，如PDB，CML，xyz，PNG，JPG，GIF，TXT，MWS等的打开，其运行需要事先在home/$username/Application Data/Molecular Workbench/cache有相应的文件目录缓冲。
11.bioinfoserv-arb_2007.7.11_i386.deb
这个软件的目的是处理各种序列数据库(导入、导出、格式化等）和数据分析，在数据库处理上，功能强大。
The ARB software is a graphically oriented package comprising various tools for sequence database handling and data analysis.
12.bioinfoserv-act_5.0-1_i386.deb
这是sanger中心开发的DNA基于Artemis的序列比较分析查看软件。
ACT (Artemis Comparison Tool) is a DNA sequence comparison viewer based on Artemis．
13.bioinfoserv-artemis_8.0-1_i386.deb
这是一个基因组浏览和注释可视化工具，界面与上面的act几乎一样，只是主要功能不同。
Artemis is a free genome viewer and annotation tool that allows visualization of sequence features and the results of analyses within the context of the sequence, and its six-frame translation. Please see the file readme.bioinfoserv for suggestions about files to edit when running Artemis on BioInfoServ machines.
14.bioinfoserv-sight_2007.07.14_3.1.8_i386．deb
这是一个自动化基因组数据挖掘工具，目标是让使用者无需编程，也能完成复杂的数据挖掘工作。
automating genomic data-mining without programming skills.
15.bioinfoserv-agro_1.0.18_i386.deb
这是一个基于java的基因组浏览器，可以进行全基因组的手工注释和可视化处理。
The Argo Genome Browser is the Broad Institute's production tool for visualizing and manually annotating whole genomes.
16.bioinfoserv-interproscan_2007-07-14_1.01_i386.deb
这是一个很著名的蛋白质功能注释分析的软件包，它是由EBI 开发，集成蛋白质结构域和功能位点的数据库（如SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom 等数据库提供的蛋白质序列中的各种，如结构域，motif等信息），是一个较为全面的蛋白质功能结构分析工具。这个deb包包含了基于本地命令行的软件，也提供可基于网络的jips图形界面。可参考的文献为http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/462，软件主页在http://www.virology.ca/。这个软件还可以基于本地网络进行应用，Java GUI for InterProScan Local client(JIPS)就是基于本地web服务器，这个方式可以让那些具有强大局域网服务器的研究单位建立分析应用。当然，它的前提是，你必须建立web服务器，并配置好相应的服务器端。这个可以查看/usr/local/jips/client or server中的文件就可以知道了。如果要配置相应的web服务地址，那么打开/usr/local/bioinf/jips/client/jips.jnlp和/usr/local/bioinf/jips/server/servers/jips/jips_server.properties这两个文件进行修改配置。
17.bioinfoserv-chinook_2007.07.14_1.02_i386.deb
这是一个基于p2p技术的生物信息节点计算平台，利用这个技术，可以把登录这个软件的所有计算机空闲能力集中起来进行生物学计算，这个思路应该说相当优秀。
chinook is a peer-to-peer (P2P) bioinformatics platform.参考站点：http://smweb.bcgsc.bc.ca/chinook/index.html
18.bioinfoserv-apollo_2006-2.27-1.6.5_i386
这是一个开放性果蝇基因组计划的产物，主要是可以图形化浏览果蝇基因组注释结果。
Apollo is a collaborative open source project between the Berkeley Drosophila Genome Project, the Sanger Institute and the EBI.
18.bioinfoserv-jexproler_2007.07.14_2.7_i386
J-Express Pro是一个芯片分析软件，界面友好，目前这已经商业化。
J-Express Pro is a comprehensive portable software package for analysis and visualization of microarray data.
http://www.molmine.com/jexpress/
具体情况见：http://www.bioinfoserv.org
上次由 biowee 在 2007-07-19 0:50，总共编辑 3 次。
-
biowee
- 帖子： 287
- 注册时间： 2006-07-31 22:55
- 联系：
序列组装可以用bioinfoserv-lucy_1.19p-3_i386.deb, 不过它是个命令行下的工具。lucy和phylip已经打包上传：
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
- 附件
-
-
biowee
- 帖子： 287
- 注册时间： 2006-07-31 22:55
- 联系：
新增加几个生物软件包和其他工具包：
序列组装：bioinfoserv-lucy_1.19p-3_i386.deb，
系统发育：bioinfoserv-phylip_3.65-2_i386.deb，
hiweedlayer兼容层：bioinfoserv-hiweedlayer_0.0.6-x86_i386.deb，
个人财务管理：bioinfoserv-gnucash-common_1.8.12-6_i386.deb，bioinfoserv-gnucash_1.8.12-6_i386.deb
usb磁盘加载和数据拷贝工具：bioinfoserv-usblink-mountapplication_1.0.0-1.deb
live DVD/CD重装工具：bioinfoserv1.01-LiveCD-DVD-reconstructor_2.6.0_i386.deb
XML编辑工具：bioinfoserv1.01-xmlcopyeditor_1.0.7.6_i386.deb
永中office办公软件2007：bioinfoserv-eioffice2007_4.1.1812.101ZH_i386.deb
日历进程安排工具：bioinfoserv-rainlendar2_2007.07.14.2.0_i386.deb
屏幕标尺工具：BioinfoServDeb/bioinfoserv1.01-gruler_0.6_i386.deb
桌面搜索工具：bioinfoserv1.01-catfish_0.3a-0_i386.deb
桌面硬件信息浏览工具：bioinfoserv1.01-hardinfo_0.4.2-0_i386.deb
PDF编辑工具：bioinfoserv1.01-pdfedit_0.2.5-0_i386.deb
压缩工具：bioinfoserv-PeaZip_2007.07.14.1.6.0_i386.deb
序列组装：bioinfoserv-lucy_1.19p-3_i386.deb，
系统发育：bioinfoserv-phylip_3.65-2_i386.deb，
hiweedlayer兼容层：bioinfoserv-hiweedlayer_0.0.6-x86_i386.deb，
个人财务管理：bioinfoserv-gnucash-common_1.8.12-6_i386.deb，bioinfoserv-gnucash_1.8.12-6_i386.deb
usb磁盘加载和数据拷贝工具：bioinfoserv-usblink-mountapplication_1.0.0-1.deb
live DVD/CD重装工具：bioinfoserv1.01-LiveCD-DVD-reconstructor_2.6.0_i386.deb
XML编辑工具：bioinfoserv1.01-xmlcopyeditor_1.0.7.6_i386.deb
永中office办公软件2007：bioinfoserv-eioffice2007_4.1.1812.101ZH_i386.deb
日历进程安排工具：bioinfoserv-rainlendar2_2007.07.14.2.0_i386.deb
屏幕标尺工具：BioinfoServDeb/bioinfoserv1.01-gruler_0.6_i386.deb
桌面搜索工具：bioinfoserv1.01-catfish_0.3a-0_i386.deb
桌面硬件信息浏览工具：bioinfoserv1.01-hardinfo_0.4.2-0_i386.deb
PDF编辑工具：bioinfoserv1.01-pdfedit_0.2.5-0_i386.deb
压缩工具：bioinfoserv-PeaZip_2007.07.14.1.6.0_i386.deb
-
biowee
- 帖子： 287
- 注册时间： 2006-07-31 22:55
- 联系：
以前一直都计划制作一个英文站点，以英文发布BioInfoServOS的信息。终于今天开工了，风格采用imago03，并修改确定下来，感觉还不错。有兴趣的，请大家前去浏览，顺便帮我指出其中可能的英文错误和不地道的英文表达。
http://www.bioinfoserv.org/en
当然这个英文站点，在原来的站点首页有相应的连接。这样以来，尽量将两个不同语言的站点专门化，尽量避免中文和英语表达语言的混用。
http://www.bioinfoserv.org/en
当然这个英文站点，在原来的站点首页有相应的连接。这样以来，尽量将两个不同语言的站点专门化，尽量避免中文和英语表达语言的混用。