新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

Ubuntu各种衍生版本
回复
sybase2008
帖子: 109
注册时间: 2006-01-23 16:41

#121

帖子 sybase2008 » 2007-07-25 9:18

biowee 写了:这些软件不仅仅是为生物专业所设计的,完全可以适用于ubuntu6.06系统。
是不是可以把这些deb包下载后安装到ubuntu上面??我用的是ubuntu606,装系统太麻烦了,如果能直接装上最好。
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#122

帖子 biowee » 2007-07-29 15:03

完全没问题,安装前,需要先安装bioinfoserv-base-directories_1.0-20_i386.deb,然后在依次安装其他软件。,值得注意的是,这些软件包最适合xfce4桌面,因为已经针对这个桌面进行了系统菜单的定制,至于gnome/KDE桌面,目前没去测试这些软件安装后,会不会有一个良好的程序菜单呈现。不过所有的程序菜单文件在/usr/share/applications下, gnome桌面可以利用程序菜单编辑器添加这些程序菜单。
rc
帖子: 6
注册时间: 2007-04-20 11:42

Re: BioInfoServOS生物软件包出世

#123

帖子 rc » 2007-08-06 20:19

biowee 写了:BioInfoServOS生物软件包目前放置在

http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb

更多的生物软件将逐一deb打包并更新上传,请大家留意。一旦该生物软件仓库具备一定规模,将给出apt安装资源。

文献管理使用JabRef试试,质粒图、序列分析、基因查找使用emboss,这两个已经打包上传。

值得注意的是,基于java的生物软件,默认采用sun-java5-bin(1.5.0.06)来支持,如果您是直接安装使用的是BioInfoServOS1.01,那么这个环境已经配置好,否则,需要确认安装sun-java5-bin和sun-java5-fonts。
我的ubuntu7。04很多软件都用不了,请问biowee是这么回事啊?
附件
Screenshot.png
Screenshot.png
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#124

帖子 biowee » 2007-08-06 20:45

很显然,需要确认下载文件的正确性和安装权限。

如果下载文件出现问题,就有可能损坏。当然下载正确后需要确认软件的安装执行权限。

就权限而言,下载后采用sudo chmod 755 bioinfoserv-base-directories_1.1-20_i386.deb更改安装权限,然后在进行安装。


近来在岗前集中培训,可能不能即时回复帖子。
头像
yumumao
帖子: 171
注册时间: 2006-09-25 3:58

#125

帖子 yumumao » 2007-08-12 12:46

这个要支持一下。
头像
lwaterl
帖子: 379
注册时间: 2007-08-24 17:46

#126

帖子 lwaterl » 2007-08-24 22:50

好,加油,这里支持你一下!!!!
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#127

帖子 biowee » 2007-09-13 21:26

有人一直在问,能不能在xubuntu 6.06版本或其延伸版本获得BioInfoServOS软件特性?

现在可以肯定地回答,完全可以,至于具体方案,请查看具体解决办法

这个方案已经经过测试,大家可以放心使用。

值得注意的是,这个方案目前只适合xubuntu 6.06为基础的版本,至于是否能安装到其他ubuntu版本,这不做保证。同时,这与通过BioInfoServOS Live DVD安装获得软件特性没有本质差别,即使的差别,就是改变了软件安装的路径和系统菜单类别的细微变化。
bigben446
帖子: 109
注册时间: 2007-09-12 14:45

#128

帖子 bigben446 » 2007-09-14 1:21

support this project!

http://www.open-bio.org/wiki/Main_Page

The Open Bioinformatics Foundation or O|B|F is a non profit, volunteer run organization focused on supporting open source programming in bioinformatics.
ezhimeng
帖子: 12
注册时间: 2007-09-07 12:05

#129

帖子 ezhimeng » 2007-09-15 9:33

支持了!
我是学生物科学的,不过现从事计算机相关工作!
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#130

帖子 biowee » 2007-09-28 21:20

BioInfoServOS Deb源测试:

BioInfoServOS Deb源释放测试,大家可以编辑您的/etc/apt/sources.list,并加入以下地址(特别注意,这个源适合于ubuntu6.06系列):

deb http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... buntu6.06/ /

然后,采用新得立管理器,更新软件仓库,或者采用命令apt-get update,随后,大家可以采用新得立管理器来安装bioinfoserv的软件包。

值得注意的是:

bioinfoserv -xfce4_4.3.99.1-bioinfoserv-1.1_i386.deb,bioinfoserv- xfdesktop_4.4.0-bioinfoserv-1.1_i386.deb,bioinfoserv- menu_2.1.27_i386.deb,bioinfoserv-base-directories_1.1-22_i386.deb
是BioInfoServOS 系统特性中相应文件、图标和目录,是安装其他包的前提。不过它们与xubuntu 6.06和Hiweed-Linux 1.01中的xfce4, xfdesktop, menu相应的软件包有冲突,安装钱请确认卸载它们(这个卸载不会对您原来的系统有任何损伤),然后才能继续其他的BioInfoServDeb包的安装。

欢迎大家测试。
头像
eagle5678
帖子: 1900
注册时间: 2006-07-08 14:07

#131

帖子 eagle5678 » 2007-10-05 11:52

怎要“公匙”,Release.gpg 没用?
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#132

帖子 biowee » 2007-10-06 11:57

不需要,照常安装无误。
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

修订版BioInfoServOS1.1 Live CD

#133

帖子 biowee » 2007-10-31 18:16

新的封装版本BioInfoServOS1.1 Live CD在原来的BioInfoServOS1.1 Live DVD基础上进行了修正,并降低了整个原有的Live DVD的体积大小(现有的Live CD其ISO文件大小为668.5M)。本次修订主要目的是以适应非DVD光驱的使用和安装:

1. 修订开机引导图片和启动加载图片。

2. 去除了原来预装的Openoffice.org2.03。

3. 大量删减原来预装的软件,还live CD一个干净的世界,如原有的生物信息软件全部卸载,只保留了生物信息软件的环境和目录bioinforserv-base-direcroties,并在程序菜单中给出一个安装指导文件。

4. 预装了java运行环境:sun-java5,j2re1.5, bioinfoserv-biojava

5. 清除/usr/share/applictions下的一部分菜单,保留程序菜单的干净,同时修订一些菜单的类别,使之在使用的时候更容易从程序菜单中寻找。

6. 保留了gnome-art, PeaZip,并升级Multiget为1.4版本,预装了文泉驿字体的黑体

7. 卸载了三维桌面compiz,并安装为beryl0.3

8. 对原有的xfcedesktop,menu, xfce4进行了修订,并预装成修订后的bioinfoserv-xfcedesktop, bioinfoserv-menu, bioinfoserv-xfce4,对系统原有的程序分类进行了一定程度的修订、删减与增加。

9. 升级内核为2.6.15-29-386,同时修改Live CD启动内核(initrd)为2.6.15.29-386。同时修正硬盘安装引导文件,使之能正确引导2.6.15-29内核(这个修正引导文件已经可以下载)实现直接从硬盘上加载ISO文件进行安装。

10. 预装bioinfoserv-emboss,bioinfoserv-blast,bioinfoserv-staden和bioinfoserv-pylip(其它软件可以在系统安装都硬盘自行安装)

11. 添加日程管理bioinfoserv-rainlendar2,采用skel的方式给firefox 1.5预置了downthemall等插件。

12. 默认输入法采用智能ABC和五笔输入法。

13. 对开机随机启动的服务进行了修订,提高系统启动的速度。

这个LiveDVD ISO最大限度地保证了原有的Hiweed Linux Desktop 1.01的特性,因此,可以很好的使用hiweed/Ubuntu所提供的软件仓库源。至于如何在这个系统上,进行生物信息软件的安装,请大家仔细阅读程序菜单中的“关于BioInfoServ”。

Live CD将会在今明两天内释放,而LiveDVD ISO将还需稍带时日。详情请注意http://www.bioinfoserv.org/到信息发布

图片
图片
图片
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#134

帖子 biowee » 2007-11-01 10:40

修正版正是发布,详情见www.bioinfoserv.org
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

#135

帖子 biowee » 2007-11-27 22:19

xubuntu 7.10已经出来好久了,现在终于把他请到了机器里。感觉这个新版本的确不错,稳定性上大大加强,而且修正了很多xubuntu 6.10中的问题,原本再等hiweed Desktop 2.0出来,看来是等不到了,故决定基于 xubuntu 7.10先期进行BioInfoServOS2.0的相关工作,这样就可以以后吸收hiweed desktop 2.0的优点,也不推迟BioInfoServOS2.0的工作。
回复