是不是可以把这些deb包下载后安装到ubuntu上面??我用的是ubuntu606,装系统太麻烦了,如果能直接装上最好。biowee 写了:这些软件不仅仅是为生物专业所设计的,完全可以适用于ubuntu6.06系统。
新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算
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Re: BioInfoServOS生物软件包出世
我的ubuntu7。04很多软件都用不了,请问biowee是这么回事啊?biowee 写了:BioInfoServOS生物软件包目前放置在
http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServDeb
更多的生物软件将逐一deb打包并更新上传,请大家留意。一旦该生物软件仓库具备一定规模,将给出apt安装资源。
文献管理使用JabRef试试,质粒图、序列分析、基因查找使用emboss,这两个已经打包上传。
值得注意的是,基于java的生物软件,默认采用sun-java5-bin(1.5.0.06)来支持,如果您是直接安装使用的是BioInfoServOS1.01,那么这个环境已经配置好,否则,需要确认安装sun-java5-bin和sun-java5-fonts。
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BioInfoServOS Deb源测试:
BioInfoServOS Deb源释放测试,大家可以编辑您的/etc/apt/sources.list,并加入以下地址(特别注意,这个源适合于ubuntu6.06系列):
deb http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... buntu6.06/ /
然后,采用新得立管理器,更新软件仓库,或者采用命令apt-get update,随后,大家可以采用新得立管理器来安装bioinfoserv的软件包。
值得注意的是:
bioinfoserv -xfce4_4.3.99.1-bioinfoserv-1.1_i386.deb,bioinfoserv- xfdesktop_4.4.0-bioinfoserv-1.1_i386.deb,bioinfoserv- menu_2.1.27_i386.deb,bioinfoserv-base-directories_1.1-22_i386.deb
是BioInfoServOS 系统特性中相应文件、图标和目录,是安装其他包的前提。不过它们与xubuntu 6.06和Hiweed-Linux 1.01中的xfce4, xfdesktop, menu相应的软件包有冲突,安装钱请确认卸载它们(这个卸载不会对您原来的系统有任何损伤),然后才能继续其他的BioInfoServDeb包的安装。
欢迎大家测试。
BioInfoServOS Deb源释放测试,大家可以编辑您的/etc/apt/sources.list,并加入以下地址(特别注意,这个源适合于ubuntu6.06系列):
deb http://www.bioinfoserv.org/BioinfoServD ... buntu6.06/ /
然后,采用新得立管理器,更新软件仓库,或者采用命令apt-get update,随后,大家可以采用新得立管理器来安装bioinfoserv的软件包。
值得注意的是:
bioinfoserv -xfce4_4.3.99.1-bioinfoserv-1.1_i386.deb,bioinfoserv- xfdesktop_4.4.0-bioinfoserv-1.1_i386.deb,bioinfoserv- menu_2.1.27_i386.deb,bioinfoserv-base-directories_1.1-22_i386.deb
是BioInfoServOS 系统特性中相应文件、图标和目录,是安装其他包的前提。不过它们与xubuntu 6.06和Hiweed-Linux 1.01中的xfce4, xfdesktop, menu相应的软件包有冲突,安装钱请确认卸载它们(这个卸载不会对您原来的系统有任何损伤),然后才能继续其他的BioInfoServDeb包的安装。
欢迎大家测试。
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修订版BioInfoServOS1.1 Live CD
新的封装版本BioInfoServOS1.1 Live CD在原来的BioInfoServOS1.1 Live DVD基础上进行了修正,并降低了整个原有的Live DVD的体积大小(现有的Live CD其ISO文件大小为668.5M)。本次修订主要目的是以适应非DVD光驱的使用和安装:
1. 修订开机引导图片和启动加载图片。
2. 去除了原来预装的Openoffice.org2.03。
3. 大量删减原来预装的软件,还live CD一个干净的世界,如原有的生物信息软件全部卸载,只保留了生物信息软件的环境和目录bioinforserv-base-direcroties,并在程序菜单中给出一个安装指导文件。
4. 预装了java运行环境:sun-java5,j2re1.5, bioinfoserv-biojava
5. 清除/usr/share/applictions下的一部分菜单,保留程序菜单的干净,同时修订一些菜单的类别,使之在使用的时候更容易从程序菜单中寻找。
6. 保留了gnome-art, PeaZip,并升级Multiget为1.4版本,预装了文泉驿字体的黑体
7. 卸载了三维桌面compiz,并安装为beryl0.3
8. 对原有的xfcedesktop,menu, xfce4进行了修订,并预装成修订后的bioinfoserv-xfcedesktop, bioinfoserv-menu, bioinfoserv-xfce4,对系统原有的程序分类进行了一定程度的修订、删减与增加。
9. 升级内核为2.6.15-29-386,同时修改Live CD启动内核(initrd)为2.6.15.29-386。同时修正硬盘安装引导文件,使之能正确引导2.6.15-29内核(这个修正引导文件已经可以下载)实现直接从硬盘上加载ISO文件进行安装。
10. 预装bioinfoserv-emboss,bioinfoserv-blast,bioinfoserv-staden和bioinfoserv-pylip(其它软件可以在系统安装都硬盘自行安装)
11. 添加日程管理bioinfoserv-rainlendar2,采用skel的方式给firefox 1.5预置了downthemall等插件。
12. 默认输入法采用智能ABC和五笔输入法。
13. 对开机随机启动的服务进行了修订,提高系统启动的速度。
这个LiveDVD ISO最大限度地保证了原有的Hiweed Linux Desktop 1.01的特性,因此,可以很好的使用hiweed/Ubuntu所提供的软件仓库源。至于如何在这个系统上,进行生物信息软件的安装,请大家仔细阅读程序菜单中的“关于BioInfoServ”。
Live CD将会在今明两天内释放,而LiveDVD ISO将还需稍带时日。详情请注意http://www.bioinfoserv.org/到信息发布。



1. 修订开机引导图片和启动加载图片。
2. 去除了原来预装的Openoffice.org2.03。
3. 大量删减原来预装的软件,还live CD一个干净的世界,如原有的生物信息软件全部卸载,只保留了生物信息软件的环境和目录bioinforserv-base-direcroties,并在程序菜单中给出一个安装指导文件。
4. 预装了java运行环境:sun-java5,j2re1.5, bioinfoserv-biojava
5. 清除/usr/share/applictions下的一部分菜单,保留程序菜单的干净,同时修订一些菜单的类别,使之在使用的时候更容易从程序菜单中寻找。
6. 保留了gnome-art, PeaZip,并升级Multiget为1.4版本,预装了文泉驿字体的黑体
7. 卸载了三维桌面compiz,并安装为beryl0.3
8. 对原有的xfcedesktop,menu, xfce4进行了修订,并预装成修订后的bioinfoserv-xfcedesktop, bioinfoserv-menu, bioinfoserv-xfce4,对系统原有的程序分类进行了一定程度的修订、删减与增加。
9. 升级内核为2.6.15-29-386,同时修改Live CD启动内核(initrd)为2.6.15.29-386。同时修正硬盘安装引导文件,使之能正确引导2.6.15-29内核(这个修正引导文件已经可以下载)实现直接从硬盘上加载ISO文件进行安装。
10. 预装bioinfoserv-emboss,bioinfoserv-blast,bioinfoserv-staden和bioinfoserv-pylip(其它软件可以在系统安装都硬盘自行安装)
11. 添加日程管理bioinfoserv-rainlendar2,采用skel的方式给firefox 1.5预置了downthemall等插件。
12. 默认输入法采用智能ABC和五笔输入法。
13. 对开机随机启动的服务进行了修订,提高系统启动的速度。
这个LiveDVD ISO最大限度地保证了原有的Hiweed Linux Desktop 1.01的特性,因此,可以很好的使用hiweed/Ubuntu所提供的软件仓库源。至于如何在这个系统上,进行生物信息软件的安装,请大家仔细阅读程序菜单中的“关于BioInfoServ”。
Live CD将会在今明两天内释放,而LiveDVD ISO将还需稍带时日。详情请注意http://www.bioinfoserv.org/到信息发布。


