新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

[biowee]

BioInfoServ是一个基于Xubuntu LTS、Deepin Linux和Linux Mint构建和开发，以生命科学研究及生物信息分析为应用目的的生物信息平台系统。BioInfoServ具有良好的生物信息运行环境及用户分析界面，包含上百个生物信息应用软件， 能有效地完成生物数据处理、序列比对分析、结构功能预测、分子模拟与进化研究、文献管理及论文写作等科研分析工作，是生命科学家或生物学家良好的科研分析平台。

当前新版本为5.03，新版的硬件需求如下：

处理器（CPU）：>=2.0GHz
内存（Memory）：>=1000M
光驱：CD读取速度>=24X，DVD读取速度>=16X，缓存>=512K
硬盘：转速>=5200，空间大小>=10G。

BioInfoServ官方站点：http://www.bioinfoserv.org

系统特性
系统预览
系统手册
光盘下载
安装配置
硬件驱动
优化美化
生物信息

[biowee]

就目前释放的这个光盘，如果大家无法通过
http://bioinfoserv.vicp.net

那么就采用下面的地址访问：
http://bioinfoserv.3322.org

[biowee]

服务时间一般为9:00-23:00，如果不能登陆，说明我关机（提供服务的机器性能实在不是太好）。或许等我马上到重庆医科大学报到工作后，看那边的网络状况是怎么样的，到时将给出一个更好访问地址，当然目前这些个域名应该会同时提供访问。

[cyf3732]

biowee可否找一下比较好的空间，身在教育网实在是没法连上家乡的电信网啊！
楼主可否先把“系统说明”贴到其他的地方，bioinfoserv.3322.org连不上的说....

[biowee]

希望有空间的弟兄能给上传空间，系统说明我已经传到我的gmail站点上了：

http://lmingwei.googlepages.com

[wqxh]

不错啊。不过我不是学习生物专业的。

[wqxh]

不错啊。不过我不是学习生物专业的。

[biowee]

已经到重庆医科大学报到,看来这里的网络状态想要重建自己原来的站点和BioInfoServ Destop下载地址,还有待时日.大家有没有采用p2p技术进行站点建设的?

[cyf3732]

biowee，何不做种BT共享或者做emule源共享？要连到你的服务器实在是很困难。
另外，bioinfoserv里面的bioinfor类软件是否都有说明文档？要出去了，想多学点东西，谢谢！

[zhaoshuyong]

一直在期待这个系统啊，：）　　辛苦了，下载完成后我帮你挂到５ｑ的ｂｔ下载去，教育网的兄弟谁先完成可以先帮帮忙啊，大家一起努力。

[xautofzx]

支持。有机会我给生物方面的同学朋友推荐。

[biowee]

我新到重庆医科大学，这里的网络状态非常不好，老有问题。寝室里的网线一直也没有给我铺好，大家要下载BioInfoServ Desktop 1.0可能就有问题了。办公室的网络也是时通时断的，实在时没有办法。

当然若谁需要我刻盘，那么请告诉我（邮资和光盘费用当然得您出了，计划20张光盘）。请先来邮件说明您处的网络状态，是否可以将光盘ISO发布出来，等等信息。

若不然，大家稍待时日，若我这里的网络状态一切稳定，且相应服务站点一旦建立，立马发帖子告诉大家。

我的邮件：biowee@163.com

[zhaoshuyong]

确实下不下来，只能静心等候biowee兄的服务站点搞定了。无论如何，支持你。

[biowee]

安装到ThinkPad R60e 0658DE2上，其配置为Intel 酷睿双核 T2300E处理器，I945GM主板，256MB内存（已经升级到1G），60GB硬盘，康宝DVD光驱带CD刻录。

虽然它是一款低端IBM笔记本，但是它依然保留了让人称道的镁铝合金防滚骨架和APS硬盘减震系统，散热性能的确不错，而且能很好低运行基于hiweed desktop 1.01定制的BioInfoServ Desktop系统，比预装的windows xp系统流畅多了。只不过，网络邻居的解决方案总觉得没有windows xp那么方便。

找到了几个网络邻居软件，象xsmbrowser, Tksmb, LinNeighbourhood使用起来依旧不太顺手。不知道jiahua是如何解决的这个问题的（说实话hiweed desktop自带的网络邻居需要在修改以便更加适应络需求）。

[biowee]

1.beryl 更新到0.2版本.

先采用下面的命令加入key:
KEY=81836EBF; gpg –keyserver subkeys.pgp.net –recv $KEY && gpg –export –armor $KEY | sudo apt-key add

然后再修改sources.list，加入：
#for ubuntu 6.06(dapper)
deb http://download.tuxfamily.org/3v1deb dapper beryl-svn
deb-src http://download.tuxfamily.org/3v1deb dapper beryl-svn
#for ubuntu edgy
deb http://download.tuxfamily.org/3v1deb edgy beryl-svn
deb-src http://download.tuxfamily.org/3v1deb edgy beryl-svn
#for ubuntu feisty
deb http://ubuntu.beryl-project.org feisty main
deb-src http://ubuntu.beryl-project.org feisty main

然后再
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
就可以了。

如果从beryl0.1升级而来，那么可能会出现/var/cache/apt/archives/beryl-plugins_0.2.0+ svn20070119-r2900+foxy0_i386.deb: 正试图覆盖“/usr/lib/beryl/libdbus.so”，它属于软件包 beryl-dbus。
那么就先卸载掉beryl-plugins_0.1的，然后再进行升级安装就可以了。


2. 新增添一些软件：

NoteCase:一个按照层次结构来组织内容的笔记管理程序。此程序将有助于你整理每天所搜集的文字笔记。如果需要确保笔记的隐私性，那么可以使用该程序提供的加密功能;

APTonCD 是一个允许将 apt-get 或 aptitude 下载的包制作成 CD/DVD 的图形化工具。这样，一方面，在没有 Internet 连接的情况下也可安装软件；另一方面，也可以将制成的 CD/DVD 拿与其他计算机使用;

Hipo 是一个专门用来管理 iPod 数据的工具，此程序使用 Mono、GTK# 所写，具有添加/删除音乐、添加/删除播放列表、编辑标签、支持专辑封面等功能;

Screenlets: 是一款能够在桌面上添加各种小玩意的软件，如即时贴、时钟、天气预报、月历等等。这个软件和 Mac OS X 中的 Dashboard 很类似，可与 Compiz 或 Beryl 配合使用，以便装饰或扩展桌面。

Ripper CD （a graphical interface for ripping CD audio tracks (using cdparanoia) and then encoding them into the OGG, FLAC, or MP2/3 formats using the vorbis tools, FLAC, toolame or other available
MP3 encoders.）

webhttrack （Copy websites to your computer, httrack with a Web interface）

增加网络邻居搜索工具xsmbrowser, Tksmb, LinNeighbourhood。使得有可能象windows下的IPBook这样方便的工具。

kxdocker: 是一个创新性的 Docker 应用程序，在外观上，它与 Mac OS X 的 Dock 很相似，但在功能上却更强大些。虽然 KXDocker 在创始之初应用于 KDE 中，但现在也可用于如 GNOME 之类的其他桌面环境中,要功能包括： 支持主题; 具有旋转图标效果; 能够自动调整大小; 支持拖曳操作; 有许多插件; 执行速度很快, 主要安装kxdocker，kxdocker-resources，kxdocker-i18n，kxdocker-configurator， kxdocker-dcop，kxdocker-trayiconlogger