Ubuntu中文论坛

我按照网上搜索到的步骤“把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下”（来源：http://www.linuxidc.com/Linux/2008-08/14813.htm）但是第一步就出现问题。
我在Ubuntu的/usr/local/bin下无法使用粘贴功能。

在BLAST使用手册上也没找到相关信息。

希望能了解的3个问题：
1. 如题目所说在Ubuntu下能否使用Blast
2. 上述无法粘贴的问题怎样解决？如何解决？
3. 希望有经验的朋友能提供详细步骤，或相关资料的网址。

我目前是初学者，但愿与大家共同交流学习Blast的使用，Ubuntu使用，Linux系统等问题。

我的QQ号码是：965820354
邮箱是：[email protected]

谢谢！

楼主是学生物的吧，这个我也没用过，不过我想以后是会用到的。我最近在用Bio-Linux，是用UBUNTU的，楼主可以看看

sudo提升权限试试

用sudo打开Nautilus肯定能行

后来发现blast与blast+的命令不一样。
我还在继续查资料学习中...
感谢大家给我留言，帮助我！
此贴还有效哦！

明确的告诉你，可以！

xitoong 写了：明确的告诉你，可以！

你好，谢谢你的回复。
后来参考网上资料，莫名其妙的安装成功，但是最近要给一台新机器安装，又出现了问题。

以下贴出我的安装步骤（参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/），请指教。

Standalone BLAST 安装步骤
1. 解压文件
命令：tar zxvpf /home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+-ia32-linux.tar.gz
2. 添加工作路径
命令：PATH=”$PATH:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
export PATH
echo $PATH
终端输出：
”/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
3. 设置数据库
1) 建立db文件夹
命令：mkdir ./blast-2.2.26+/db
2) 在/home下建立.ncbirc文件
命令：touch .ncbirc
修改.ncbirc文件
cat << END > .ncbirc
>[BLAST]
>BLASTDB=/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db
END

最后检测：发现问题！
$ blastn -help
No command 'blastn' found, did you mean:
Command 'blast' from package 'blast' (universe)
Command 'blast2' from package 'blast2' (universe)
blastn: command not found

请问是哪里出现问题？

以上的由于路径设置发生的错误

Standalone BLAST 安装步骤
1. 解压文件
命令：tar zxvpf /home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+-ia32-linux.tar.gz
2. 添加工作路径
在/home目录下找到文件”.bashrc”，在该文见后面添加命令：
export PATH=”$PATH:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
重启系统即可
3. 设置数据库
1) 建立db文件夹
命令：mkdir ./blast-2.2.26+/db
修改.ncbirc文件
[BLAST]
BLASTDB=/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db

第二步，为修改后设置路径过程，解决7楼回复中的问题。与大家交流

数据库设置发生问题
关于数据库的设置如上第三步所示

实验命令如下，希望格式化数据文件生成于/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db目录中
$ makeblastdb -in /home/zeng/Downloads/test.fasta -dbtype prot
结果那些文件却生成于/home/zeng/Downloads目录中。。。
如何解释这个问题？
第三步的设置是否正确？
db建立后，本应发挥怎样的作用呢？
继续请教！

mollylqky 写了：以上的由于路径设置发生的错误

Standalone BLAST 安装步骤
1. 解压文件
命令：tar zxvpf /home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+-ia32-linux.tar.gz
2. 添加工作路径
在/home目录下找到文件”.bashrc”，在该文见后面添加命令：
export PATH=”$PATH:/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/bin”
重启系统即可
3. 设置数据库
1) 建立db文件夹
命令：mkdir ./blast-2.2.26+/db
修改.ncbirc文件
[BLAST]
BLASTDB=/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db

第二步，为修改后设置路径过程，解决7楼回复中的问题。与大家交流

数据库设置发生问题
关于数据库的设置如上第三步所示

实验命令如下，希望格式化数据文件生成于/home/zeng/ncbi-blast-2.2.26+/db目录中
$ makeblastdb -in /home/zeng/Downloads/test.fasta -dbtype prot
结果那些文件却生成于/home/zeng/Downloads目录中。。。
如何解释这个问题？
第三步的设置是否正确？
db建立后，本应发挥怎样的作用呢？
继续请教！

makeblastdb生成的文件当然是本地路径，或者是-out指定的路径。db我一直认为是一些特定的数据存放的路径（具体还真没在意）。你想想如果你安装了blast，其他人调用你的程序时，难道都要向你的db文件夹写入数据？他们根本没有这个权限啊！ 大哥你的linux操作水平还需要提高哦 第二步添加完路径后不需要重启，直接source ~/.bashrc 或者 . ~/.bashrc即可~ 建议你看看鸟哥的私房菜。另外对于学生物学的人来说用了一段ubuntu之后建议学习一下centos。纯属个人见解，欢迎交流~ 哈哈

为什么不用在线版呢？

不需要自己去下载安装啊，根据命令提示系统里应该有一个叫“blast”的软件包。用sudo apt-get install blast就能安装了，而且可以在线升级