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使用debian6.04-amd64,没有安装GDM，只有一个fluxbox桌面。在~/.fonts文件夹内放入了微软雅黑，文泉译正黑字体。
~/.fluxbox/overlay内容如下：
# 菜单标题的字体
menu.title.font: 微软雅黑-14
# 菜单组标题的对齐方式
menu.title.justify: center
# 菜单项目的字体
menu.frame.font: 微软雅黑-12
# 菜单项目的对齐方式
menu.frame.justify: left
# 窗口标题栏文字的字体
window.font: 微软雅黑-14
# 窗口标题栏文字的对齐方式
window.justify: center
# 窗口标题聚焦时的背景颜色|5/5/f
window.label.focus.color: rgb:4e/8f/cf
window.label.focus.colorTo: rgb:4e/8f/cf
# 时钟的字体
toolbar.clock.font: 微软雅黑-10
# 工作区名称的字体
#toolbar.workspace.font: 微软雅黑
# 图标栏的字体
toolbar.iconbar.focused.font: 微软雅黑-10
toolbar.iconbar.unfocused.font: 微软雅黑-10


/usr/share/fluxbox/styles 目录下使用的style关于字体我分别这样修改的：
第一种
# fonts------------------------------------------
menu.frame.font: WenQUanYi Zen Hei-14:bold
menu.title.font: WenQUanYi Zen Hei-12:bold
toolbar.clock.font: WenQUanYi Zen Hei-10:bold
toolbar.workspace.font: WenQUanYi Zen Hei-10:bold
toolbar.iconbar.focused.font: WenQUanYi Zen Hei-10:bold
toolbar.iconbar.unfocused.font: WenQUanYi Zen Hei-10
window.font: WenQUanYi Zen Hei-10
第二种
# fonts------------------------------------------
menu.frame.font: 微软雅黑-14:bold
menu.title.font: 微软雅黑-12:bold
toolbar.clock.font: 微软雅黑-10:bold
toolbar.workspace.font: 微软雅黑-10:bold
toolbar.iconbar.focused.font: 微软雅黑-10:bold
toolbar.iconbar.unfocused.font: 微软雅黑-10
window.font: 微软雅黑-10
第三种
# fonts------------------------------------------
menu.frame.font: Msyh-14:bold
menu.title.font: Msyh-12:bold
toolbar.clock.font: Msyh-10:bold
toolbar.workspace.font: Msyh-10:bold
toolbar.iconbar.focused.font: Msyh-10:bold
toolbar.iconbar.unfocused.font: Msyh-10
window.font: Msyh-10
但是应用程序字体显示都不正常。如图：

在~/.fonts文件夹内放入了微软雅黑，文泉译正黑字体。

改變 字型設定後
fc-cache -fv
或者
重新開機
新設定才生效

詳細參見
https://wiki.debian.org/Fonts#Configuration

沒有session daemon接管theme的情況下，gtk2程式需要手動設定gtkrc。

暂时没有解决，装了个xfce先凑合着。

看看 這一篇 能否幫到你
http://fluxbox-wiki.org/index.php?title=Change_font
fluxbox fonts are only for the toolbar, the windowtitle and the menu (rootmenu, windowmenu, toolbarmenu...).

偶然发现root用户的显示正常，于是把自己目录下的能删除的配置文件都删除，然后卸载重新安装fluxbox一次果然正常了。